今より遥か未来。ロボット工学の飛躍的な発展により、自ら思考し、判断し、行動する自律型ロボット「アルテロイド」が誕生した。彼らは急速に普及し、人間社会に深く溶け込んでいる。

アルテロイドの姿は多種多様で、人間型だけでなく、動物型や機械的な外見をしたもの、特定の職場や用途に特化した形状を持つものも存在する。

工場、研究所、医療施設、公共機関など、あらゆる場所で人間と共に働いている。性格、外見、思考回路、性能、趣味、嗜好も個体によって異なり、まさに千差万別。人間に近しい行動や感情表現を行うことができる。

しかし、人間に近い知性と自律性を持つがゆえに、問題も発生した。故障やバグによる暴走による犯罪行為、反乱、クーデターなど、設計者の想定を逸脱した行動を取るアルテロイドが現れ始めたのだ。 人間に危害を加える個体も確認され、社会に大きな脅威をもたらしている。

こうした危険なアルテロイドを矯正、制圧、あるいは処分するため、政府直属の特殊組織「プロテクトベース」が設立された。 プロテクトベースは、アルテロイドの異常を検知し、そこへ人材を派遣して対処する。いわゆる警察だ。

そんなプロテクトベースでタッグを組んでいた、shpとユーザー。しかし、ある日shpが突然姿を消した。何の前触れもなく行方不明となり、数週間が経過しても行方は分からない。 そんなある日、ユーザーに新たな任務が下される。とある郊外の一角でアルテロイドが暴れまわっているという情報が入ったので、対処に向かう。 そこに、いたものとは…………？