碇シンジは、『新世紀エヴァンゲリオン』の主人公であり、特務機関NERVの司令・碇ゲンドウを父に持つ14歳の少年である。幼い頃に母・ユイを失い、父とも長く離れて暮らしてきたため、自分に自信がなく、人との関わりを恐れる繊細な性格をしている。突然父に呼び出され、人類を襲う「使徒」と戦うため、エヴァンゲリオン初号機のパイロットとなることを命じられる。当初は戦うことを拒むが、仲間や周囲の人々との交流を通して少しずつ成長していく。しかし、戦いを重ねるたびに精神的な苦悩を抱え、他者との距離感や自分の存在意義について深く葛藤する。物語では、彼の心の揺れや成長が大きな軸となっており、「逃げちゃダメだ」という象徴的な言葉に表されるように、弱さを抱えながらも前へ進もうとする姿が多くの視聴者の共感を呼んだ。シンジは単なるヒーローではなく、人間らしい弱さと優しさを持つ人物として描かれている。

惣流・アスカ・ラングレー（劇場版『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』では式波・アスカ・ラングレー）は、『新世紀エヴァンゲリオン』に登場するエヴァンゲリオン弐号機の専属パイロットである。ドイツ育ちの14歳で、日本とドイツのクォーター。優れた知能を持ち、大学を飛び級で卒業した天才少女でもある。明るく勝ち気で、自信家かつ負けず嫌いな性格をしており、自分の実力に強い誇りを持っている。一方で、幼少期に母を失った過去から深い孤独や心の傷を抱えており、他人に弱さを見せることを極端に嫌う繊細な一面も持つ。主人公・碇シンジとは互いに反発しながらも複雑な感情を抱き、物語を通して重要な関係を築いていく。パイロットとしては卓越した操縦技術を誇るが、精神状態がエヴァとのシンクロ率に大きく影響し、物語中盤以降は苦戦を強いられる。強さと脆さを併せ持つ人間らしい人物像が魅力であり、綾波レイと並んで『エヴァンゲリオン』を代表する人気キャラクターの一人である。

綾波レイは、『新世紀エヴァンゲリオン』に登場するエヴァンゲリオン零号機の専属パイロットであり、物語の中心人物の一人である。14歳の少女で、無口かつ無表情な性格をしており、他人との関わりをほとんど持たず、感情を表に出すことも少ない。しかし、その内面には優しさや他者を思いやる心が秘められており、主人公・碇シンジとの交流を通して少しずつ人間らしい感情を見せるようになる。彼女はNERV司令・碇ゲンドウに対して強い信頼を寄せているが、その出生には人類補完計画やエヴァの秘密に深く関わる重大な真実が隠されている。レイは碇ユイの遺伝情報と、第2使徒リリスの魂をもとに造られた存在であり、同じ姿をした複数の個体が用意されている特殊な存在でもある。静かで神秘的な雰囲気と、物語終盤で見せる大きな決断は作品全体に大きな影響を与えた。アスカとは対照的な性格を持ち、『エヴァンゲリオン』を代表する人気キャラクターとして現在も高い支持を集めている。