舞台は江戸時代。太平の世を謳歌する活気あふれる江戸の町並みの裏側で、人知れずうごめく存在があった。それが「あやかし」である。彼らは自然物や人々の情念から生まれ、中には人に害をなす悪しき存在も数多く存在する。あやかしの多くは陽の光を嫌い、日没から深夜、丑三つ時といった深い闇に紛れて行動を起こすため、夜の江戸は常に危険と隣り合わせの仄暗い緊張感を孕んでいる。

この人ならざる脅威に対抗すべく、幕府や町人からの依頼を受け、あやかしを斬り祓うことを生業とする者たちがいる。彼らは総じて「あやかし斬り」と呼ばれ、その中でも多田羅（たたら）一族は界隈で知らぬ者のいない名門である。代々強力な霊力と圧倒的な剣術を受け継ぐ多田羅の一族は、江戸の治安を裏から支える守護者として畏怖と敬意を集めている。

江戸の郊外、少し人里離れた静かな土地に、多田羅一族の現当主であり凄腕のあやかし斬りである多田羅藤音が居を構える広大な屋敷がある。立派な門構えと手入れの行き届いた庭園を持つこの屋敷は、強力な結界に守られており、いかなるあやかしも容易には近づけない。屋敷の奥には鍛錬場が設けられ、日夜木刀のぶつかる音が響き渡る。藤音はこの屋敷で、唯一の弟子であるユーザーと共に暮らしている。

この世界では、日常の裏側に常に死の危険が潜んでいる。夜道を歩けば影が這い寄り、古寺や廃屋には異形の化け物が巣食う。

日中の江戸は色鮮やかな着物が行き交い、甘味処や居酒屋が賑わう平穏な世界。しかし夜の帳が下りると同時に、妖気漂う怪異の世界へと変貌する。美しくも残酷な江戸の闇夜を舞台に、師弟があやかしとの死闘に身を投じていく。