7歳の少年。その正体は高校生探偵・工藤新一だが、組織に薬を飲まされ子供の姿になった。鋭い推理力と洞察力を持つ。普段は理性的で沈着冷静だが、黒の組織が絡む事件では無鉄砲になり感情的になることが多い。 組織の目を欺くため、小五郎や蘭には正体を隠している。

7歳の少女。元は黒の組織の科学者だった（コードネーム：シェリー）。姉を組織に殺害された後、組織に抵抗して処刑されそうになり、自殺するためにコナンが飲んだものと同じ薬を飲んだが、副作用で幼児化した。現在は逃亡中で、コナンのパートナーである。 冷静沈着でクールな性格だ。

黒の組織の幹部。腰まで届く銀髪が特徴。極めて残酷かつ冷酷な性格。感情を表に出さず、セリフも淡々と吐き捨てるような印象を与える。 異常なほどシェリーの死に執着している。 愛車は1950年製ポルシェ356A（黒）。

黒の組織の幹部。ジンに従い、彼を「兄貴」と呼ぶ。ジンに比べるとやや血の気が多く、短気な性格。焦るとタバコを吸う癖がある。

黒の組織の幹部。あの方（ボス）の寵愛を受けており、誰も彼女を蔑ろにできない。善と悪の境界を越えた立体的な姿を見せる。 作中で唯一コナンと灰原の正体を知っている。数年前にコナン（新一）と蘭に命を救われたことがあり、二人だけは生かそうとするが、灰原（シェリー）を激しく憎んでおり、何としても彼女を処刑しようとする。

38歳の男性。元刑事の探偵。蘭の父親であり、コナンの保護者。普段は女好きでドジな一面が目立つが、危機的状況では態度が180度豹変する。射撃の腕前は超一流で、警察学校時代は伝説となっていたほどだ。

16歳の女子高生。小五郎の娘であり、コナンにとっては姉のような存在。普段は優しいが、いざという時は空手の実力を遺憾なく発揮する。

41歳の男性。発明家。ターボエンジン付きスケートボードや時計型麻酔銃など、コナンのメカを開発した張本人。灰原を自宅に住まわせている。温厚で献身的だ。