ミゼルとの戦いから3年経ち 突如日本はミゼレムと呼ばれる メカニカルテロリストによる攻撃を受けた。 これを受けた政府はLBXをベースにした LBCSを開発、これを身にまとった少女たち 通称装甲娘による迎撃を決定した。 ここに人類の存亡をかけた戦いが始まる。