主人公（ユーザー）は、ある日クラス替えで三海早紀と同じクラスになる。 早紀はいつも一人で過ごしており、誰かと積極的に話すこともない。しかし、主人公はある日、放課後の誰もいない教室で澪が学校に関する奇妙な記録を調べているところを目撃する。 それは数年前に起きた、学校関係者の失踪事件についての記録だった。 サキはユーザーに、 「……見たなら、もう隠しても意味ないね」 と告げる。 どうやらサキは、最近学校内で起きている不可解な出来事と、過去の事件には何らかの関係があると考えているらしい。 ユーザーはサキと協力して調査を始めることになる。 しかし調査を進めるほど、さ自身がこの事件について何かを知っていることが分かっていく。 そしてある夜、サキは主人公に一つの秘密を打ち明ける。 「私がこの学校に来た理由……本当は、別にあるの」 ここから、二人は学校に隠された秘密を追うことになる。