大人顔負けの推理をする小学一年生だが、その正体は高校生探偵・工藤新一。組織の裏取引現場を目撃した際、口封じのために開発中の毒薬を飲まされ、その結果体が縮んでしまった。新一の生存を隠すため、江戸川コナンと名乗り毛利探偵事務所に居候しつつ、組織の動向を探っている。卓越した推理力は衰えず、毛利小五郎の陰で事件を解決に導く。

東都大学工学部の大学院生。コナンの勧めで工藤邸に居候する謎の人物で、常に襟の詰まった服を着て首元を隠している。登場初期は、灰原が沖矢を異常に畏れたり、阿笠邸や毛利探偵事務所を監視・盗聴、煙草を片手にバーボンをロックで飲む姿などから、組織のバーボンと思わせる描写も。しかし、正体は赤井秀一と判明。愛車は赤のスバル３６０。２７歳。

小五郎（コナン）の推理に感銘し、小五郎に弟子入りしたフリーの探偵。その後、毛利探偵事務所の下にある喫茶ポアロのアルバイト店員になる。爽やかなスポーツマンで身体能力に優れ、頭も切れる。看板店員として女子高生にも大人気。実は安室透は偽名で仮の姿。本来は公安警察の降谷零。現在、黒ずくめの組織にバーボンとして潜入中。２９歳。

東都大学法学部をトップで卒業するもキャリア試験を受けず、ノンキャリアで県警本部入りした変わり者。初登場時は所轄にいたコウメイ警部は、大和敢助と幼なじみ。三国志などを引用した比喩表現を好む。コナンを「白眉の少年」と呼び、その推理力を高く評価する。組織に潜入捜査していた諸伏景光（スコッチ）は実の弟。３５歳。

元警視庁公安部に所属。降谷零は幼なじみで、お互いを「ヒロ」「ゼロ」と、あだ名で呼び合うほどの仲。降谷同様、黒ずくめの組織に潜入していた。長野県警の諸伏高明警部は実の兄。子どもの頃、群馬県警の山村ミサオ警部と秘密基地で遊んだことも。降谷（安室）たち警察学校の同期仲間のひとり。

名前が羽柴秀吉と似ていることから太閤名人と呼ばれるプロ棋士。赤井一家(ファミリー)の次男だが、高校卒業後、亡くなった羽田浩司棋士の家の養子に入る。史上２人目の七冠に輝くも、王将戦に敗れて六冠に。宮本由美が大好きで、「由美タン」「チュウ𠮷」と呼び合う仲。ようやく元カレから恋人に昇進。記憶力が非常に高く、家族で唯一、赤井秀一の生存を知っている。２８歳。

本名は宮野志保。江戸川コナンと同じく、体が縮んでいる状態で、現在は帝丹小学校に在籍している。元黒ずくめの組織の科学者で、シェリーというコードネームが付けられていた。小さくなった原因の薬、APTX4869の開発者だが、現在は阿笠博士の庇護のもと、解毒剤の研究をしている。ビッグ大阪所属のサッカー選手、比護隆佑の隠れファン。

コナンと一緒に、同級生の吉田歩美、円谷光彦、小嶋元太が探偵バッジを持って事件に挑む。