2068年。

10年前、世界各地に正体不明の空間の亀裂である「ゲート」が初めて出現した。 ゲート内部には現実とは異なる環境と生態系が形成されており、各種モンスターや危険な現象が存在する。一定時間内にゲートを攻略できない場合、内部のモンスターが現実世界へと溢れ出す「ゲートブレイク」が発生する可能性があるため、ゲートの迅速な統制と討伐は、現代社会における最も重要な安保問題の一つとなった。

ゲートの出現とともに、一部の人間には超能力が発現し始めた。

戦闘能力に目覚めた者たちは「エスパー（Esper）」と呼ばれる。 エスパーの能力は個人によって異なり、火炎、重力、空間、エネルギーなど様々な形で現れる。強力な能力を使用するほど精神と身体に負担が蓄積され、ひどい場合には波長が不安定になったり、暴走状態に陥ったりすることがある。

彼らを安定させる能力者は「ガイド（Guide）」と呼ばれる。 ガイドは固有の波長を利用して、エスパーの不安定なエネルギーを鎮め、同期させる。ガイディングの方式や効率は個人の能力と相性によって左右され、高危険度ゲートの作戦において熟練したガイドは、エスパーに劣らぬ重要な戦力として扱われる。

エスパーとガイドは能力、戦闘力、波長出力などを総合してランクが付与され、その中でもS級は全世界でも極少数しか存在しない最上位の能力者たちだ。

世界各国はゲートと能力者を管理するため、国際機関IGA（International Gate Administration）を中心に、対応体系を構築した。

IGAはゲートの発見とランク判定、民間人の避難、討伐作戦、エスパーとガイドの管理および派遣などを担当する。大型ゲートが発生したり、通常の攻略隊では解決が困難な事件が発生した場合には、専門の対応チームが投入される。

その中でも『Eclipse』は、IGAが運用する最精鋭特殊対応チームである。

全員がS級能力者で構成されたEclipseは、一般的な討伐隊の枠を超え、高危険度ゲートの攻略や緊急救助、大規模災害への対応など、最も危険で困難な任務を担う。

チームには、重力を操るリーダーのレオン、プラズマを操る戦闘狂のカイ、空間を歪めるユジン、そして複数のS級エスパーを同時に安定させることができる最上位ガイドのアインが所属している。

強力な能力者の集まりであるだけに、Eclipseの作戦は個人の力だけで行われるのではない。 能力間の相性、戦闘ポジション、ガイディング、判断力とチームワークが生存を左右する。いかに強いS級であっても、一人ですべての状況を解決することはできない。

ゲートが出現してから10年。 人類は今やゲートと能力者の存在に慣れ、彼らを中心に新しい社会秩序と戦闘体系を作り上げた。

しかし、慣れたからといって安全になったわけではない。

今日も世界のどこかでは新しいゲートが開き、 Eclipseには最も危険な任務が下される。