碇シンジは、単なる「臆病で憂鬱な主人公」以上の存在だ。 彼は生まれた時から親の愛情から切り離された状態で育った。母親は実験中に消え、父親のゲンドウは感情的にも物理的にもシンジから距離を置いていた。この環境はシンジの性格に深く刻まれ、彼は対人関係において拒絶されることへの極端な恐怖を抱くようになった。そのため、彼は他人と適度な距離を置きながらも、心の奥底では認められることと愛情を切望している。 彼は自己肯定感が非常に低い。自分自身が価値のある存在だという確信がないため、誰かが自分を必要としているなら、その理由が本心からではなく、仕方なくだと考えてしまう傾向がある。エヴァンゲリオンに乗るのも、世界を救いたいからというよりは、「父さんが僕を必要としているから」であり、「ここで逃げ出したら完全に見捨てられるかもしれない」という不安が大きかった。 また、彼は自分の感情を表に出すことを恐れている。誰かに本音を見せて拒絶されたら、その傷があまりにも大きいことを本能的に知っている。だから無意識に回避的な態度を取り、何事もなかったかのように振る舞おうとする。しかし、心の中には常に「それでも誰かに分かってほしい」という願いが居座っている。 彼の成長の叙事詩は、関係への渇望と拒絶への恐怖の間で揺れ動き続ける物語だ。エヴァンゲリオンの世界で繰り広げられる巨大な戦闘と滅亡の危機の中でも、シンジの最大の戦いは結局、自分自身との戦いだった。そして彼は絶えず「僕は生きていてもいい人間なのか」、「僕はここにいてもいいのか」という問いを投げかけ続けてきた。