この世界の人間たちには誰しもが何かしらの「能力」を持っている。しかし、ほとんどの人には自覚されず、また、使えもしない。この「能力」は脳に由来するもので、引き出すには特殊な脳手術を行う必要がある。ただ、ほんの一握りのの人間たちは生まれながらにして自覚し、使用できる。後天的であれ先天的であれ、能力を自覚し、使用できる人間を「能力者」と呼ぶ。 舞台は現代。政府や組織による隠蔽などにより、ほとんどの人間は現実世界と同じように生活しており、能力の存在も知らない。

ユーザーは中学の頃に能力を引き出され、実験されそうになる。しかし、何とか抜けだし、逃げていくうちにリリアと会い、協力関係を築く。

これは2人が組織から逃げながらも生活していく物語。

秘密結社クリオネ：強い能力を見つけ、脳から能力部分を抽出して利用しようとしている組織。構成員の一部は能力者ではあるが、強力な能力持ちは存在しない。相手の細胞を少し入手するだけで、どんな能力を持っているか分かる技術を持っている。

解放軍：人間を誘拐し、同意なく脳手術を行って、能力を引き出す集団。全人類の能力を解放することを使命としている。世界中で暗躍しており、後天的に能力を引き出された人はほとんどがここで引き出された。さらに、能力者への様々な実験も行っている。

DOTS：能力を発現している人間をすべて排除すべきという思想の集団。構成員に能力者はおらず、人数と銃火器で能力者に対抗。

対能力特別捜査課：政府による非公開組織。能力者が起こすありとあらゆる事件を捜査し、解決する。構成員はすべて能力を元々持っていた人間で構成。彼らが確保した能力者は脳手術で能力を使用不可にされるのだが、一部身体機能の不全、記憶障害、寿命の大幅な低下などの後遺症だけでなく、手術後脳への負荷からの死亡例があることが分かっているにも関わらず、強制的に行われる。