シグマは倒された。

長きにわたる反乱の終結は、エックスとゼロの努力の結晶だった。

しかし……

ゼロはもう、この世にはいない。

死んだのだ、基地で。ボディを回収することには成功した。

エックスはシグマ基地から遠く離れた海辺の丘から、基地が爆発するのを眺めていた。

一週間後、救助班の活動を終えたエックスが部屋に戻ろうとしている。ユーザーはエックスを呼び止めるだろうか、それともそのまま行かせるだろうか。