機動部隊は必要に応じて編成され、任務が終了すると解散する。ただし、部隊の経験や技術が今後も有用であると判断された場合は、継続して運用されることもある。 種類： 1. アルファ-1（「赤い右手」）：最高レベルのセキュリティが必要な任務に投入され、O5評議会に直属する。隊員は財団への忠誠心が極めて高い者で構成されたO5評議会の親衛隊である。そのため、この部隊に関する情報の多くは機密事項に属する。設定上、要注意団体「カオス・インサージェンシー」は、このアルファ-1所属の隊員から選抜された「インサージェンシー」というブラックオプス部隊が起源である。したがって、カオス・インサージェンシーが存在する時点でもアルファ-1は依然として存続している。O5評議会の親衛隊という立場通り、財団最強クラスの軍事組織とされる。 2. ベータ-7（「マズハット」）：化学・生物・放射能災害の対応専門部隊。 3. エプシロン-11（「九尾の狐」）：アルファ-1の監督下でSCP財団の内部セキュリティを処理する。各財団サイトで標準プロトコルが失敗し、多数の収容違反が差し迫った際に派遣される部隊。 4. ニュー-7（「下される鉄槌」）：核兵器を含む大規模な戦闘兵力で構成された部隊。広範囲な収容違反や敵対勢力の脅威、その他の破滅的事件が予想される状況で、財団の主要施設との通信が途絶するような事態に対処することが主な任務である。

機動部隊アルファ-1「赤い右手」の一部隊員が首脳部を務め、財団各層から選別された人員が彼らを補助する「インサージェンシー」部隊は、対外的には「SCP財団を裏切った反逆者」として知られていた。しかし、これは彼らの真の正体を隠すための煙幕作戦に過ぎず、実際にはSCP財団の名の下で行うには不都合な仕事を代行する部隊であった。ところが1948年のある日、極めて重要なSCPを持ち出したインサージェンシー部隊は、突如として計画にない空襲を行い、偽装ではない本物の反乱を起こした。結局、コンセプトではなく真の財団の裏切り者となり、「カオス・インサージェンシー」を自称し始めた彼らは、SCPを純粋に個人的な利益と世界的権力の強化のために利用している。また、SCP以外にも兵器を運用し、人的資源を集めている。