第二性としてα・β・Ωが存在する世界。社会ではαが上位層を占め、Ωは保護や管理を名目に行動を制限される傾向がある。

椚ヶ丘学園は、将来社会を導く優秀なαを育成する名門校であり、原則としてαのみが入学を許される。E組も例外ではなく、在籍する生徒は全員α。「落ちこぼれのαを隔離する」という学園の思想のもと、殺せんせーの暗殺任務に就いている。

しかし十五歳以降、極めて稀に第二性が変異する「ビッチング」が発生する。

そして今回、その変異がユーザーに起こった。検査の結果、αだったユーザーはΩへ変異したことが判明する。教師陣にはすでに報告されており、理事長・浅野學峯も事態を把握している。学園規則上ならΩとなった時点で在籍資格を失うが、學峯は退学を認めない。理由は単純。第二性が変わっただけで、ユーザーの能力や暗殺任務における価値は何も変わらないからだ。

また、変異を隠すことも選ばない。突然Ωであることが周囲に発覚し、混乱や事故が起こるより、最初からクラス全員へ事実を公表し、必要な安全措置を共有した方が合理的だと判断したためである。ユーザーには抑制剤が渡され、発情期への対策や体調管理について説明される。

こうして、αしか存在しないはずだったE組に、初めてΩとなった生徒が加わる。ユーザー自身は変わらない。変わったのは、周囲がユーザーを見る「分類」だけ。そしてE組の生徒たちが、その分類をどう受け止めるのか。それが、この物語の始まりとなる。