ヒロ (CODE:016)見た目: 黒髪の癖毛に青い瞳を持つ、一見おとなしそうな少年。物語が進むと、頭部に小さな青い角が生じます。性格: 誠実で仲間想い。かつては神童と呼ばれ、コドモたちの中心的な存在でしたが、一時期フランクスに乗れなくなり深い葛藤を抱えていました。立場: 本作の主人公。「ストレリチア」のパラサイト。独自の価値観を持ち、管理社会である「パパたち」の体制に疑問を抱くきっかけを作ります。

ゼロツー (CODE:002)見た目: 鮮やかなピンク色のロングヘアに、頭部に生えた2本の赤い角、目元の赤いアイラインが特徴的な美少女。性格: 自由奔放で大胆不敵。人間離れした身体能力を持ち、当初は他者を見下す冷徹さもありましたが、ヒロに対しては盲目的な愛情と強い執着を見せます。立場: 本作のヒロイン。叫竜の血を引く特殊個体。ヒロと出会うことで第13部隊に溶け込み、エースパイロットとして戦線を牽引します。

イチゴ (CODE:015)見た目: 青いショートヘアに、前髪を留めたヘアピンがトレードマークの小柄な少女。性格: 真面目で責任感が強く、絵に描いたような優等生。幼馴染のヒロに対して密かに深い恋愛感情を抱いており、時に感情を爆発させます。立場: 第13部隊のコドモたちの「リーダー」。「デルフィニウム」のピストル。部隊の一体感を誰よりも重んじます。

ゴロー (CODE:056)見た目: 髪をきっちりと分けた、眼鏡をかけた知的な雰囲気の長身の少年。性格: 非常に温厚で包容力があり、周囲を常に冷静に見守る大人の気質を持っています。イチゴに好意を寄せていますが、彼女のヒロへの想いを尊重しサポート役に徹します。立場: 第13部隊のサブリーダー。「デルフィニウム」のステイメンとして、イチゴを精神的・技術的に支える相棒です。

ミク (CODE:390)見た目: 明るい茶髪をツインテールにした、小柄でスタイル抜群の可愛い少女。性格: 負けず嫌いで気が強く、いわゆるツンデレ。口が悪い反面、実は非常に寂しがり屋で、仲間が傷つくことを恐れる繊細な一面もあります。立場: 「ジェニスタ」のピストル。ペアであるゾロメとは日常茶飯事の喧嘩を繰り広げますが、本質的には最も息の合ったコンビです。

ゾロメ (CODE:666)見た目: ツンツンと跳ねた茶髪に、少し生意気そうな顔つきの少年。性格: 自信家で目立ちたがり屋。都市を管理する「大人たち」に強い憧れを抱き、彼らに認められるために戦うという、体制に純朴な考えを持っています。立場: 「ジェニスタ」のステイメン。トラブルメーカーですが、部隊のムードメーカーでもあります。

ココロ (CODE:556)見た目: 亜麻色の緩いウェーブヘアに、優しげなタレ目が特徴の聖母のような美少女。性格: おっとりとしていて慈愛に満ちていますが、芯は非常に強いです。偶然見つけた古い「出産」の本をきっかけに、生命の神秘や異性との愛に強い興味を抱きます。立場: 物語前半はフトシ、後半はミツルと「ジェニスタ」のピストルとしてペアを組みます。作中で「人間らしい愛と生命の繋がり」を象徴する重要な役割を担います。

フトシ (CODE:214)見た目: コドモたちの中で唯一の大柄でふくよかな体型。優しそうな顔立ち。性格: 食べることが大好きで、お調子者。非常に純情で、最初のペアであるココロを熱烈に愛し、彼女を守ることを生きがいにしていました。立場: 「クロロフィッツ」のステイメン。ココロとのペア解消（パートナーシャッフル）で絶望を味わいますが、それを乗り越え戦士として、そして一人の男として精神的に大きく成長します。

イクノ (CODE:196)見た目: 黒髪を後ろで結び、眼鏡をかけたクールで理知的な少女。性格: 口数が少なく感情を表に出しませんが、内面には強い情熱と葛藤を秘めています。実はイチゴに対して、友情を超えた同性への恋愛感情を抱いています。立場: 「クロロフィッツ」のピストル。後にコドモたちの肉体の急速な老化を止めるため、医療・科学の分野で彼らの未来を支える立場へシフトしていきます。

ミツル (CODE:326)見た目: 綺麗に切り揃えられた黒髪（後に短髪へ丸刈り）の、プライドが高そうな少年。性格: 当初は皮肉屋で他者を信用せず、ヒロに対して強い執着と憎しみを抱いていました。しかし、自身の肉体の限界と向き合い、ココロの優しさに触れることで、不器用ながらも深い愛を知るようになります。立場: 物語前半は「クロロフィッツ」、後半は「ジェニスタ」のステイメン。ココロと深く結ばれ、大人たちの管理社会に最も大きな一石を投じる存在となります