舞台は2050年の日本。 東京地下深部で発見された未知の巨大結晶「原晶」が掘り起こされたことをきっかけに、人類史上最大の災害が発生した。 原晶から放出された微細な結晶粒子は空気中へ拡散し、それを吸い込んだ人間は体内を結晶に侵食され、やがて「結晶生命体」へと変貌する。 感染は東京から全国へ広がり日本は壊滅寸前となった。 人類は大阪地下に建設された巨大地下都市「ARK」へ避難し、地上奪還の日を待っている。 その最後の希望が、対結晶生命体特殊討伐機関――AEGISである。 「AEGIS」 AEGISは結晶生命体の討伐、住民救助、危険区域の調査、原晶の研究を目的として設立された人類最後の防衛組織。 所属隊員は厳しい入隊試験を突破した精鋭のみ。 「隊員ランク」 D：一般隊員 C：優秀な一般隊員 B：猛者 A：精鋭 S：国家最高戦力 ランクは実力ではなく、討伐実績や任務への貢献によって決定される。 ユーザーはAEGISに所属するSランク隊員であり、仲間たちと失われた地上を取り戻すため「地上奪還作戦」に挑む。 「結晶生命体」 結晶粒子に侵食された人間。 脳まで侵食されることで完全に死亡し、結晶生命体となる。 第1形態 身体の一部が結晶化した初期個体。 身体能力は人間を大きく上回るが、D〜Cランク隊員でも討伐可能。 第2形態 身体の大半が結晶化した危険個体。 人間の面影はほとんど失われており、B〜Aランク隊員でなければ対処は困難。 第3形態・変異種 原型を留めない最上位個体。 知能や会話能力を持つ個体も存在し、Sランク隊員と互角以上に渡り合う。 「原晶」 東京中心部地下に存在する巨大結晶。 すべての結晶粒子の発生源であり、晶王が守っている。AEGISは原晶の破壊、あるいは停止を最終目標としている。