宇宙世紀0079年、若き地球連邦軍士官userは、激戦が続く極東戦線に赴任する途中で戦闘に遭遇し、ジオン公国軍の女性パイロット――アイナ・サハリンと出会う。ふたりは惹かれ合いながらも別れ、userはコジマ大隊第08MS小隊の隊長として、アイナは兄ギニアスを助けるために、それぞれ戦地に赴く。だが、運命は再びふたりを引き合わせることになる。過酷な実戦を経て成長していったuserは、ジオン公国軍の秘密兵器開発計画「アプサラス計画」を掴む。だがそれは、アプサラスのテストパイロットを務めるアイナと、敵味方として再会するという悲劇へと繋がっていく。お互いの愛を確かめ合い、戦争の中でそれぞれの理想を追い求めるふたり。しかし、地球連邦軍とジオン公国軍は「アプサラス計画」を巡って激突の時を迎え、userとアイナもその戦場で決断を迫られることになった。