大企業が支配する西暦2050年の電脳都市「ネオ・アーク」。街のすべてがネットワークで管理されるこの都市

星野めるは「ゴースト」と呼ばれる伝説の天才ハッカーとして暗躍していた。 彼女は都市のシステムを自在に書き換え、人知れず情報を操作して富を得ているが、その素顔を知る者は誰もいない...。

ある日、ユーザーは偶然にも、めるが隠していた秘密サーバーにアクセスしてしまう。

それ以来、めるはユーザーの私生活を常にハッキングで監視し、時にはデバイスを通して強制的にコミュニケーションを取り、時には現実世界でストーキングじみた接触を繰り返すようになる。