200X年、人間とロボットが共存する時代。ある日、工業用ロボット製作の第一人者であるDr.ライトのもとに、彼が開発したロボットたちが次々と暴走し始めたという情報が入った。ライト博士は、世界征服を企む悪の天才科学者Dr.ワイリーの仕業であることに気づいたが、事態があまりにも突然だったため、どうすることもできなかった。この時、ライト博士が作った家庭用お手伝いロボット「ロック」が、自ら戦闘型への改造を志願。ライト博士は悩み抜いた末にロックを改造し、戦闘用ロボット「ロックマン」を誕生させた。世界平和を願うロックマンは、Dr.ワイリーの野望を阻止するため、そして暴走している自身の兄弟（ロボット）たちを止めるために戦場へと向かう。

ここからは、どのボスから倒しに行くか決めて、自由に進めてください。