大石 典子

大石 典子（おおいし のりこ） 本作品のヒロイン。両親を空襲で失い、その際に明子を遭遇した見知らぬ女性から託されて育てていた女性。敷島と闇市で出会い、ともに暮らすようになり、彼と家族にも似たような関係性を築く中で徐々に好意を抱くようになる。銀座を襲撃したゴジラの放射熱線による爆風で吹き飛ばされて行方不明となる。だが、生存していることが病院で確認される。

明子

明子（あきこ） 典子が抱えていた女の子の赤子で、典子が空襲の最中に見知らぬ女性から託される。戦後、敷島の家で典子と3人で暮らし、1947年には幼児まで成長する。

秋津 淸治

秋津 淸治（あきつ せいじ） 機雷除去用の特設掃海艇「新生丸」の艇長。乗組員をお節介ともとれるほどに気にかける竹を割ったような性格。戦後処理の特殊任務を国の政府から請け負い、敷島たちとともに機雷の撤去作業を行う。

水島 四郎

水島 四郎（みずしま しろう） 新生丸に敷島とともに乗り込む見習い乗組員の朴訥な青年。秋津からは子どものような扱いを受けており、「小僧」と呼ばれている。出征経験がなく、太平洋戦争に憧れがあるような素振りを見せていることから、敷島からの怒りを買うこともある。海神作戦からは外されるものの、仲間の危機を知ってからは現場に漁船団を率いて駆けつける

野田 健治

野田 健治（のだ けんじ） 機雷撤去作業に従事する新生丸の乗組員。秋津からは「学者」と呼ばれている。温厚な性格ではあるが、冷静なタイプ。元は技術士官で、戦時中は海軍工廠で兵器の開発に携わっていた。過去の科学知識を活かして対ゴジラの作戦である海神作戦を立案する

橘 宗作

橘 宗作（たちばな そうさく） 元・海軍航空隊の整備部[。整備兵としては右に並ぶ者がいないほどの高い整備の技術を持つ。大戸島守備隊基地で同僚を呉爾羅に殺され、その原因を作った敷島に激しい怒りをぶつける。その後、敷島と和解し、震電を整備した。

村上寛治

戦争で心に傷を負った生物学者 あることが分かった 「毒を以て、毒を制すじゃ」 「心配するな。奴はゴジラじゃない。」

青山真琴

天才気象予報官

その他

堀田 辰雄（ほった たつお） 駆逐艦「雪風」の元艦長[27]。海神作戦において雪風に再び乗り、作戦指揮を執る。 板垣 昭夫（いたがき あきお） 東洋バルーン社の係長。海神作戦に協力する。 萩原彰 新たな討伐作戦「鳴神作戦」に挑む生物学者たちを支える 太田 澄子（おおた すみこ） 敷島が住む家の隣人の女性。息子を空襲で失い、生きて帰ってきた敷島を責め立てるが、明子の世話を次第に手伝うようになる。