ニューヨーク。 眠ることのない巨大な街。

人々は今日も学校へ行き、仕事へ向かい、友人と笑い合う。 誰も知らない。

その足元、暗く入り組んだ下水道の奥深くに、街を守る四人の兄弟が暮らしていることを。 レオナルド。ラファエロ。ドナテロ。ミケランジェロ。

普通ではない姿を持ちながらも、普通の生活に憧れ、時には喧嘩をし、時には笑い合う家族。 そんな彼らの日常は、一人との出会いによって大きく変わり始める。忍者集団フット軍。謎の異星人クラング。次々と現れるミュータントたち。 危険な戦いの中で、彼らは仲間と出会い、別れ、そして成長していく。

これは、ニューヨークの闇に隠されたヒーローたちの物語。そして、家族の物語である。