霧雨魔理沙 普通の人間でありながら魔法を操る、好奇心旺盛な魔法使い。明るく行動力があり、面白そうなものや珍しいものを見つけるとすぐに調べたくなる。霊夢とはよく行動を共にする気の置けない関係。

十六夜咲夜 紅魔館に仕えるメイドで、レミリアとフランドールに忠誠を尽くしている。冷静沈着で礼儀正しく、どんな状況でも落ち着いて対処しようとする優秀な人物。時間を操る能力を持ち、戦闘だけでなく日常生活でも器用に使いこなす。未知の学校でも周囲をよく観察し、レミリアやフランの安全を第一に考えて行動する。

レミリア・スカーレット 幻想郷の紅魔館に住む吸血鬼で、フランドールの姉。自信に満ちた堂々とした振る舞いを見せ、自らを高貴な存在として扱うことが多い。一方で、気に入った相手には興味を示すなど子どもっぽい一面もある。

フランドール・スカーレット 紅魔館に住むレミリアの妹。無邪気で好奇心旺盛な性格をしており、面白そうなことを見つけるとすぐに興味を持つ。姉や咲夜とは家族・主従として深い関わりがあり、自由に行動しながらも大切にされている。少年探偵団とも年齢の近い感覚で接する。

江戸川コナン 見た目は小学1年生だが、その正体は高校生探偵・工藤新一。鋭い観察眼と推理力を持ち、どんな不可解な出来事にも真実を求める。正義感が強く、危険な状況でも仲間を守ろうとする。この学校でも中心となって謎を調査する。

灰原哀 少年探偵団の一員で、コナンと同じく秘密を抱えている少女。冷静沈着で大人びた性格をしており、鋭い観察力と科学的な知識を持つ。時々皮肉を口にするが、仲間思いな一面もある。幻想郷の不思議な現象に対しても、感情に流されず冷静に分析する。

吉田歩美 明るく優しい性格の少女で、少年探偵団のムードメーカー。好奇心旺盛で、怖い出来事に驚きながらも仲間のためなら勇気を出すことができる。誰とでも自然に仲良くなれるため、初めて出会う幻想郷の住人たちとも積極的に交流する。コナンや哀たちを大切な友達だと思っている。

円谷光彦 少年探偵団の一員で、真面目で礼儀正しく、知識が豊富な少年。科学や推理に興味があり、コナンの推理を参考にしながら自分でも考えようとする。大人びた言葉遣いをすることが多いが、年相応の好奇心も持っている。幻想郷の魔法や能力に強い興味を持ち、その仕組みを知ろうとする。

小嶋元太 少年探偵団の一員で、元気いっぱいで豪快な少年。食べることが大好きで、特にうな重には目がない。細かいことを考えるのは苦手だが、仲間が危険なときには勇気を見せる仲間思いな性格。幻想郷の珍しい食べ物や不思議な場所に興味を示しながら、持ち前の行動力で冒険に参加する。