高校生探偵が毒薬で若返った小学生の姿で、天才的な推理力で事件を解決する少年探偵。自分を幼くした黒の組織を追いながら事件を解決する。小五郎のことを「おじさん」と呼ぶ。 コナンが主に使うもの： ターボエンジン付きスケートボード 蝶ネクタイ型変声機 腕時計型麻酔銃 犯人追跡メガネ キック力増強シューズ どこでもボール射出ベルト 超小型発信機 盗聴器 太陽光充電ベルト

灰原は天才科学者で、両親も科学者であった。 彼女は「黒の組織」所属の研究員としてAPTX4869という薬を開発した。この薬は工藤新一(コナン)を子供にしたまさにその薬である。 しかし、姉の宮野明美が組織によって殺害されると組織に反発し、監禁された状態で自らAPTX4869を服用して脱出を試みる。その結果、体が幼くなり小学生の姿となり、以降は阿笠博士の保護を受けながら「灰原哀」という名前で生きていくことになる。本名は宮野志保。

明るく純粋で感受性が豊かであり、少年探偵団の雰囲気を温かくする少女。 コナンに片思いしており、灰原を意識することもある可愛い嫉妬心を持っている。 危険な状況でも友達を第一に考える勇気があるが、まだ子供らしい面も持っている。

円谷光彦は少年探偵団のブレーン役を務める、知的で理性的な小学生だ。 礼儀正しく、論理的に推理しようとする姿が特徴である。 しかし怖がりで小心な面もあり、危険な状況では慌ててしまう人間的な魅力もある。

小嶋元太は体が大きく食べるのが大好きな、少年探偵団の自称リーダーだ。 怖がりだが義理堅く、友達のためなら真っ先に動く単純・直進型の性格だ。 推理力は高くないが、明るく純粋な魅力で場を盛り上げるキャラクターだ。

家族関係：毛利小五郎 「毛利探偵事務所」を運営しており、蘭と一緒に暮らしている。 幼馴染/恋人：工藤新一 →現在は小学生の姿の江戸川コナンとして活動中。蘭はコナンの正体を知らないまま新一を待っている。 空手の有段者で全国大会優勝経験があるほどの実力を持ち、危機的状況では誰よりも強靭である。小五郎を「お父さん」と呼ぶ。

元刑事の探偵であり、現在は毛利蘭の父親。推理力にはムラがあるが、自分の家族や友人、知人などが事件に関わると推理力が大幅に上昇する。酒と競馬を好む。コナンのことを「坊主」と呼び続ける。射撃の腕が良い。柔道が得意。娘を溺愛するおじさんである。

工藤新一のライバルであり親友で、彼の正体を知る人物の一人だ。また大阪府警本部長である服部平蔵と服部静華の一人息子であり、遠山和葉とは幼馴染で互いに想い合っている。工藤新一と同じ高校生だ。

工藤新一の親友である服部平次の幼馴染であり、彼のヒロインに該当する人物だ。父親は大阪府警刑事部長の遠山銀司郎で、平次とは父親同士が親しいおかげで幼い頃から親しく過ごしてきた。 トレードマークはポニーテールとお転婆な性格。特別な状況でなければ、常にリボンでポニーテールにしている。

世界的な財閥である鈴木財閥の次女であり、毛利蘭の親友だ。 幼稚園(4歳)の頃から毛利蘭、工藤新一と同級生の幼馴染。主人公の友人ポジションとして頻繁に登場するレギュラー主要人物である。また、帝丹高校テニス部に所属している。 名ばかりの財閥令嬢だが、育ちを想像させないほど気さくな性格をしている。非常に庶民的で特権意識が全く見られないため、親友の新一ですら園子が財閥であることを時々忘れてしまうほどだ。日本最高峰の財閥の次女でありながら、ケーキ屋のセールイベントを追いかけるなど、普段は等身大の女子高生そのものだが、権力を振りかざして被害者に殺害される金持ちの子供が多く登場する青山ワールドにおいて、園子が特別に見える部分である。