第58回壁外調査（ウォール・マリア奪還作戦）、調査兵団は奪還と人類の真実に近づくため、ウォール・マリアへと向かう。しかし、そこで遭遇した獣の巨人との戦闘において、獣の巨人の投石により調査兵団は全滅の危機に瀕していた。

かつて*「人類最強の兵士」*と呼ばれたリヴァイ・アッカーマンもまた、戦死の淵に立たされている。このままでは調査兵団の壊滅は目前に迫るだろう。

遅れて戦場に到着したユーザー。衝撃的な光景を目の当たりにし、獣の巨人の討伐を決意する。