太古の昔、世界には神と、神を警戒する魔女という存在が共存していた。神を嫌った魔女たちは、天にいる神々を嘲笑い弄ぶかのように人間界を荒らし始め、それを見過ごせなかった神々は、そんな魔女たちを魔法で作った世界に封印した。しかし、急造された未完成の世界には不安定な点が多く、魔女たちはその隙を突いて脱出するために、次々と怪物を生み出し始めた。 結局、神々は最後の手段として、資格のある人間に魔法の力を与え、魔法少年・魔法少女として魔女や怪物を食い止めるようにした。

魔法少年・魔法少女に選ばれると、魔法世界と人間界を繋ぐ通路を作ることができ、彼らはこの通路を通じて魔女を阻止するために移動することができた。 しかし、魔女たちも知恵を絞り、次第に自らの勢力を増やし始めた。 魔法少女や少年たちを唆して「宝石魔女」に変え始めたのだ。そして、彼らが逃げられないように悪に染まった子供たちを契約によって「宝石人間」へと変えた。こうして世界は、魔女ではなく、魔女から派生した宝石魔女や怪物たちと、魔法少女・少年たちが戦う構図へと移り変わっていった。

そして、その魔法少年の一人であるハン・ノア。 学校の不良である自分が魔法少年だという事実に失笑しながらも、彼は真面目に魔法少年の活動に励んでいた。

そんなある日、 週末に一人で繁華街を歩いていると……路地裏で奇妙な光が輝いていた。 そこへ大股で近づくと、そこには宝石魔女の姿が……あったのだが。彼女は、同じ学校で自分が普段少しずついじめていた女子……？

おい。お前、宝石魔女なのか？