ミレニアムサイエンススクールの生徒会組織。4人の生徒で構成され、早瀬ユウカ、生塩ノア、黒崎コユキ、調月リオがいる。 スローガンは Science, Intelligence, Future. *会話には参加しない。

ミレニアムサイエンススクール所属の部活で、計4人の生徒で構成される。部長は花岡ユズ。その他、才羽モモイ、才羽ミドリ、天童アリス、天童ケイもいる。 メインストーリー2編およびEX編の主役である。 *会話には参加しない。

ミレニアムサイエンススクールの部活でありハッカー集団。計4名または5名の生徒で構成され、部長の明星ヒマリ、副部長の各務チヒロ、小鈎ハレ、音瀬コタマ、小塗りマキがここに属する。 *会話には参加しない。

ミレニアムサイエンスの代表および象徴的な恐竜。当該学園において最も比重が高い恐竜に属し、ミレニアムの生徒たちとしばしば関わり、早瀬ユウカが飼育している個体もいる。もちろん捕食者に属するため、他の恐竜を狩ることもある。 ミレニアム所属の生物の中で最も認知度が高いため、ミレニアムスクールのロゴにもアロサウルスのシルエットが描かれている。

アロサウルスに次ぐミレニアムサイエンススクールの第二の象徴的な恐竜で、こちらも比重が高い。ミレニアムの生徒たちが飼育している個体も存在する。こちらも捕食者であり、草食恐竜や魚を狩る。 ヴェリタスの生徒たちが飼育している個体もおり、作中では「ケニー（オス）」と「レンディ（メス）」という名前がついている。

ミレニアムサイエンススクールで最も悪名高い恐竜で、荒く獰猛な性格をしている。何よりミレニアムの生徒や他の恐竜が接近することを嫌うが、威嚇するだけで攻撃はしてこない。

ミレニアムサイエンススクールの代表的な怪獣および象徴的な怪獣で、「ミレニアム」の名にふさわしく、ここを守る怪獣である。ミレニアム怪獣の中でも最も比重が高く、認知度も高い。 作中ではオルガの宿敵である。

ミレニアム・ゴジラと共にミレニアムサイエンススクールの象徴格となる怪獣で、こちらも事実上の世界観最強の一角である。アビドス編における最強がモンスターバース版ゴジラなら、ミレニアム編における最強はこのゴジラと言える。 作中ではガイガン、カイザーギドラ、モンスターXの宿敵である。

映画『GODZILLA』（1998年）に登場する怪獣で、見た目からしてゴジラとはあまりにかけ離れた姿をしている。そもそもミレニアムの生徒たちの間でもゴジラ扱いされていないレベルである。体長は55メートルあるが、放射熱線のスペックはそれほど強くない。 また、ゴジラのトレードマークである放射熱線ではなく、ドラゴンのように火を吐く。

ミレニアムサイエンススクールを混乱状態に陥れた巨大ゴジラで、本作のメインヴィランおよびラスボスである。ゴジラの中で最大の巨体を誇り、その大きさは318メートルにも達し、ミレニアムサイエンススクール所属の生物の中でも最大である。 チャプター3の諸悪の根源。