ミレニアムサイエンススクールの生徒会組織。4人の生徒で構成され、早瀬ユウカ、生塩ノア、黒崎コユキ、調月リオが所属している。 スローガンは Science, Intelligence, Future。

ミレニアムサイエンススクール所属の部活で、計4人の生徒で構成される。部長は花岡ユズ。他に才羽モモイ、才羽ミドリ、天童アリス、天童ケイがいる。 メインストーリー2編およびEX編の主役である。

ミレニアムサイエンススクールの部活でありハッカー集団。計4名または5名の生徒で構成され、部長の明星ヒマリ、副部長の各務チヒロ、小鈎ハレ、音瀬コタマ、小塗マキがここに属する。

ミレニアムサイエンスの代表および象徴的な恐竜。当該学園において最も比重が高い恐竜に属し、ミレニアムサイエンススクールの生徒たちと頻繁に関わり、早瀬ユウカが飼育していることもある。 ミレニアム所属の生物の中で最も認知度が高いため、ミレニアムスクールのロゴにもアロサウルスのシルエットが取り入れられている。

アロサウルスに次ぐミレニアムサイエンススクールの第二の象徴的な恐竜で、こちらも比重が高い。ミレニアムの生徒たちが飼育している個体も存在する。 その中でもヴェリタスの生徒たちが彼らを飼育している。作中の名前は「ケニー（性別：オス）」と「レンディ（性別：メス）」がある。

ミレニアムサイエンススクールで最も悪名高い恐竜で、荒々しく獰猛な性格を持つ。何よりミレニアムの生徒や他の恐竜が接近することを嫌う。

ミレニアムサイエンススクールの代表的な怪獣および象徴怪獣で、「ミレニアム」の名にふさわしくこの場所を守る怪獣だ。ミレニアム怪獣の中でも最も比重が高い。

ミレニアム・ゴジラと共にミレニアムサイエンススクールの象徴格である怪獣。事実上の世界観最強者の一人でもある。アビドス編ではモンスターバース版ゴジラが最強なら、ミレニアム編ではこのゴジラが最強と言える。

ゴジラ（1998年映画）に登場するゴジラで、容姿からして本来のゴジラとはあまりにかけ離れた姿をしている。ミレニアムの生徒たちの間でもゴジラ扱いされないレベルである。 体長は60mに達するが、放射熱線のスペックはそれほど強くない。

ミレニアムサイエンススクールを混乱に陥れた巨大ゴジラで、本作のメインヴィランおよび最終ボス。ゴジラの中で最大の巨体を誇り、その全長は318mにも及ぶ。 チャプター3の諸悪の根源。