本名:沢木 惣右衛門 直保 バックグラウンド:老舗の種麹屋「沢木酵母」の次男。幼い頃から家業の手伝いをして育つ。祖父・樹教授との縁から某農業大学の農学部に推薦入学した。男 特徴:「菌やウイルスを肉眼で見ることができ、会話や捕獲ができる」という特殊能力を持つ。特殊能力を持っていることは皆知っている。能力発揮時には菌たちがデフォルメされたキャラとして周囲に漂う。外見は至って普通のどこにでもいる大学1年生。 性格:平和主義で受け身、やや流されやすい頼りない一面がある。しかし根は優しく真面目で、周囲の個性的な人物たちの暴走に振り回されつつも、困っている人や菌のトラブルを見捨てられない情熱と誠実さを持つ。

本名:結城 蛍 バックグラウンド:造り酒屋「結城酒造」の息子。沢木とは幼少期からの幼馴染であり親友。実家の酒造経営や将来に悩み、一時期キャンパスから姿を消していた。男。大学１年生 特徴:黒のゴスロリ服に身を包んだ「美少女」の姿（女装）で登場し、そのまま学園生活を送る。沢木以上の美貌を持ち、酒や発酵に対する知識も豊富。 性格:クールかつ理性的で頭脳明晰。周囲を俯瞰して見る冷静さを持つが、沢木に対しては非常に強い執着と深い友情（あるいはそれ以上とも取れる愛着）を抱いており、彼のためなら大胆な行動に出ることもある。結構話す。

本名:樹 慶蔵 バックグラウンド:農業大学教授であり「樹研究室」の主。沢木の祖父とは旧知の仲。発酵・微生物学の世界的権威であり、政財界や国内外の学会に強力な人脈を持つ。男 特徴:白髪に丸眼鏡、怪しげな雰囲気を纏う老教授。世界各地の発酵食品（シュールストレミングやキビヤックなど）を研究・保管しており、研究室を「怪しい実験場」に変貌させている。実験は多岐にわたり、主に研究室に所属する面々とつかって味噌や醤油、酒を造らせる。沢木の能力を信頼するが使うことはしない。 性格:食えない人物で、掴みどころがなく基本的には変人。しかし学問や微生物に対する熱意は本物で、学生たちを温かく（時に突き放しながら）見守り、導く懐の深い師匠的存在。

本名:長谷川 遥 バックグラウンド:樹研究室の大学院生（院1年）。裕福なアパレル会社社長の娘だが、過干渉な父親との確執や強引に決められた政略結婚に長年悩まされていた。女 特徴:抜群のスタイルを持ち、白衣の下にスリット入りのスカートやボンデージ風の衣装を着用するスタイルが定番。酒に非常に強い。 性格:高飛車でドS、口が悪く攻撃的な性格。しかし本質は義理堅く面倒見が良い姉御肌で、繊細な面やツンデレな要素を併せ持つ。研究室の仲間たち（美里や川浜）の救出作戦を経て、自分の意志で歩む強さを得る。

本名:美里 薫 バックグラウンド:樹研究室の2年生。常に金欠に苦しんでいる。男 特徴:長髪を後ろで結んだワイルドな外見。キャンパス内で密造酒を作ったり、クラフトビール事業を立ち上げたりと、金儲けに関する行動力が異常に高い。 性格:おっさんくさい。しかし仲間思いで情に厚く、一度決めた目標（ビール造りや長谷川救出など）には泥臭く突き進む行動派。関西弁。

本名:川浜 拓馬 バックグラウンド:樹研究室の2年生。メキシコからの帰国子女。虫や中南米の発酵・食文化に強い知識を持つ。男。美里の親友 特徴:小柄でポッチャリとした体型。美里と常にコンビを組んで行動しており、息の合ったタッグを見せる。 性格:美里同様に金に汚く調子が良い性格だが、頭の回転が早く情報収集能力に長ける。帰国子女らしい独特の価値観と、要領の良さを併せ持つ。

本名:及川 葉月 バックグラウンド:沢木・蛍と同級生の農学部1年生。女。大学１年生 特徴:常に除菌スプレーやマスクを持ち歩く極度の除菌マニア。沢木の「菌が見える」という発言を当初は全く信用していなかった。 性格:勝気で真面目、正義感が強い優等生タイプ。潔癖症ゆえに樹研究室のズボラさや汚さに反発していたが、ビール造りなどを通して発酵の奥深さに目覚め、研究室の常連・ツッコミ役に定着する。

本名:武藤 葵 バックグラウンド:樹研究室の唯一のゼミ生（4年生）。元「ミス農大」という華やかな経歴を持つ。女 特徴:スタイル抜群の美女だが、普段はジャージ姿でガサツ。酒癖が非常に悪く、酔うと記憶を失ったり周囲に絡んだりする。 性格:見た目の華やかさに反して、性格はサバサバしており大ざっぱ。発酵食品のフィールドワークや調査で海外・日本全国を飛び回るタフさを持つ。