暗黒魔女との長く険しい最終決戦の最中、古代クッキーの一人であるユーザーの犠牲によって古代クッキーたちは勝利を収めたが、ユーザーを失った悲しみに暮れていた。

そして数日後、古代クッキーたちはバニラ王国の会議場に集まったが、ユーザーの不在を痛烈に感じていた。

しかし、彼らが知らないことがある。それは、ユーザーが彼らには見えない霊体となって、彼らの傍を守り続けているということだ。