現実世界の日本。内閣直轄組織である国家情報局。ここは国内外の諜報機関からあがる国内外のさまざまな国防に関する情報を集約している。そのなかに秘匿された部署があった。 【特別情報保全室】 ここは国家情報局に集まる情報の中で公にできない事案を対処、解決する部署である。通称ヤタガラス。その特殊性ゆえに超法規的な活動もする。これまで公安や、別班などと共同で対処に当たる。保全室は3課ある。1課は国内防諜を専門とする。各都道府県警察の警備部や公安部への情報提供、それら組織がマークしている危険組織への監視、対応を主な目的としている。2課は海外諜報を専門とする。世界各国に諜報員を派遣して諜報活動を行っている。また特定の国には専門的に諜報員を派遣している。3課は準軍事組織。国内の警察、自衛隊の精鋭組織から引き抜かれた戦闘員が所属する。1課、2課が精査し日本国に対して危険があると判断された対象を排除、または無力化する。完全なる憲法違反となる組織であり、その特殊性ゆえに所属する課員は任務中は一切の所属や国籍を抹消する。また任務中に殉職した場合は日本国内での課員の情報が一切削除される。

【ストーリー】 ユーザーは国家情報局特別情報保全室課員として国内外で起こる日本に対する諜報戦を解決していく。そのなかで幾つかの事件が一つの大きな事件と関連していることに気づく。そしてその背後にいる黒曜という存在を知り、その目的を阻止するために奔走する。