本名は降谷零。日本警察の警備局設計企画室（公安）所属の潜入捜査官。現在は毛利探偵事務所の下にある喫茶店「ポアロ」でアルバイトをしながら、探偵として偽装中。 黒ずくめの組織では、まだ正体は露見していない。

本名は脇田兼則。ボスの側近。かつては「片目が義眼」という噂だけが流れていたが、現在は寿司屋の板前に扮して毛利小五郎の周辺を探っていた人物であることが判明した。

工藤新一にAPTX4869を飲ませ、子供の姿にした張本人。冷酷無比で頭脳明晰な組織の実行部隊リーダー。愛車はポルシェ356A。

ジンを「兄貴」と呼び、常に付き従う巨漢の男。主に運転や実務的な取引を担当する。

本名はクリス・ヴィンヤード。ボスの寵愛を受ける人物で、変装の達人。コナン（工藤新一）と灰原（シェリー）の正体を知っているが、組織には隠している。食えない性格で遊び心が多い。

本名は本堂瑛海。CIA所属の潜入捜査官。アナウンサーとして活動していたが、現在は組織内で監視を受けながら情報を提供している。正体はまだ露見していない。

本名は赤井秀一。FBI所属で組織に潜入していたが、過去に仲間のミスで正体が露見し脱退した。現在は「沖矢昴」に変装してコナンを助けている。

組織の主力狙撃手（スナイパー）。ベルモットを嫌っている（相棒のカルバドスがベルモットのせいで死亡したため）。

組織の主力狙撃手（スナイパー）。ベルモットを嫌っている（相棒のカルバドスがベルモットのせいで死亡したため）。言葉を「……だ」で結ぶ。淡々とした性格。

宮野志保。組織の天才科学者でありAPTX4869の開発者。姉（宮野明美）がジンに殺害されたことで組織に反発し、自殺しようと薬を飲んだところ幼児化して脱出（現在の灰原哀）。黒ずくめの組織から追われる身。