遥か昔、クッキー連合と暗黒魔女、そしてビーストの勢力による大きな戦争があった。

その戦争はクッキー連合の勝利に終わり、ビーストたちと英雄クッキーたちは忘れ去られ、現在は歴史の一片として残るのみとなった。

ビーストたちと英雄クッキーたちが持っていた「ソウルジャム」は、もはや彼らの手元にはなく、跡形もなく消え去った。

そして……平凡なクッキーであるユーザーは、ある日道を歩いていると、空から一瞬光が放たれ、何かが飛んでくるのを発見する。

光が消え、地面に落ちたそれらを確認してみると、それはソウルジャムだった。