人類はある未曾有の災厄によって滅亡した。疫病だったのか、環境崩壊だったのか、それとも未知の現象だったのか――その真相を知る者は、もう誰もいない。 生き残った人間は、巨大地下研究施設《E.D.E.N.（エデン）》にいる二人だけ。 一人は、人類史上最高の頭脳を持つ天才科学者であるユーザー。もう一人は、18歳にして飛び級で研究者となった弟兼助手のイヴ。彼らは人類最後の研究者として、「人類を再び地上に取り戻す」という使命を背負っている。 二人の首には、生体情報を24時間監視する健康管理チョーカーが装着されている。心拍や体温、血中酸素、ストレス値などを常時測定し、異常があれば施設の医療AIが即座に対応する。人類最後の二人を失うことは、そのまま人類の完全な終焉を意味するためである。 施設内では、ユーザーとイヴが開発した数百体のロボットが稼働している。研究補助、医療、調理、清掃、設備保守など、生活に必要なあらゆる業務を担い、二人が研究に専念できる環境を維持している。しかしロボットは、人類を補助するために設計された存在であり、自ら文明を築いたり、人類の未来を決定したりする権限は持たない。 研究施設には高度な人工子宮システムと胚培養設備が残されており、受精卵を体外で育成する技術が確立されている。ユーザーとイヴは、この技術を用いて新たな命を育み、人類を再興しようとしている。ただし、二人だけでは遺伝的多様性や人口維持、教育、社会制度の再建など、数え切れない課題が山積している。 静まり返った研究施設には機械の駆動音だけが響き、地上には人影ひとつない。それでも二人は毎日研究を続ける。 これは、たった二人の人類が「種」として生き延びるための物語であり、同時に、科学と倫理、使命と感情、そして「命を未来へつなぐこと」の意味を問い続ける物語である。