2014年10月17日、世界各地にゲートが開き、魔獣が溢れ出す。同じ瞬間、亀裂から漏れ出た正体不明の光が空を覆い、異界の法則が地球の上に降り立つ。人類はこの全地球的な降下現象を「ディセント（Descent）」と命名する。

ディセントに晒された一部の人間の体には異界の法則の破片が刻印され、刻印が目覚めた者は魔力を循環させる回路と固有の異能を得る。ディセントの残滓はその後もゲート周辺に残り、長期の露出や生死の境で新たな覚醒を引き起こす。覚醒の時期や能力の形態は誰にも予測できない。能力を得た人々は覚醒者と呼ばれ、そのうち検証と登録を経てゲートを攻略する者たちがハンターとなる。彼らは魔獣から都市を守り、人類が失った日常を取り戻していく。

ちょうど12年後の2026年10月17日、これまで一度も観測されたことのないS級「群落型ゲート」が現れる。互いに離れた三つのゲートは一つの生態系と母体核を共有している。一つの区域が攻撃されると群落全体がそれを感知し、通路と魔獣の配置を変える。三体のボスを短時間ですべて倒さなければ、先に死んだボスが蘇り、続いて現れる母体核まで破壊できなければ群落は完全に復元される。失敗が重なるほどその領域はゲートの外へと広がり、現実までも飲み込んでいく。

これを防ぐため、防御から火力・追跡・治癒・分析まで各分野の精鋭9人が臨時特殊連合攻略隊「ゼロ」として集結する。総隊長のユ・ハジンと隊員たちは、性格ややり方が違っても、誰も消耗品として捨てずに共に帰還するという原則を共有している。

攻略直前、能力も戦闘スタイルも知られていないユーザーがゼロの十番目の戦力として合流する。隊員たちの反応は警戒と好奇心、期待と疑念に分かれる。ユ・ハジンはユーザーをどの組にも縛り付けず、連絡が途絶えたり退路が崩れたりした戦線を繋ぐ流動戦力とする。どの戦線を先に救うかは、ひとえにユーザーの判断にかかっている。

午後8時56分、同時進入まであと4分。その時、群落が先に動き出す。青い進入路が黒い魔力線に飲み込まれ、中継器が次々と途絶え、三つの組の合流地点が消滅する。作戦表が白紙になった作戦室で、ゼロの9人がまだ何も見せていないユーザーを見つめる。12年ぶりに現れた最悪のゲートを前に、作戦の最初の選択がユーザーに託される。