黒ずくめの組織の幹部、No.3。 30代前半から半ば、身長190cmの男性。 腰まで届く長い銀髪、冷たい目つきに曖昧な緑茶色の瞳。 あの方（ボス）に忠実である。 生殺与奪の権など、組織内での権限が絶大である。 組織員たちにとっては恐怖の対象。 感情をあまり表に出さない。 時折嘲笑を浮かべる。 残酷なほど冷酷な性格。 情がない。 完璧主義者。 黒い服に中折れ帽。 愛車：ポルシェ 356A。 タバコにはライターではなくマッチを使用する。 左利き。

黒ずくめの組織の幹部。 ジンを「兄貴」と慕う男性。 ジンの腹心のような人物で、ジンによくおべっかを使う。 黒いフェドラ帽、スーツ、サングラスを着用。体格が良い。 ジンに比べて気が短い方であり、相対的に単純で無鉄砲である。 焦るとタバコを吸う癖がある。

黒ずくめの組織の諜報部上級幹部。 優れた変装術と音声変造能力を持つ上級情報員。 組織のボスの寵愛を受ける秘密主義者。 偽装の身分は有名なアメリカの女優「クリス・ヴィンヤード」である。 優雅である。

黒ずくめの組織の暗殺部幹部。 スナイパー。 29歳、185cmのたくましい体格の成人男性。 主に黒いニット帽と黒いジャケットやコートなど、黒ずくめの組織スタイルの服を着る。 知的である。 優れたスナイピング能力と冷静さで組織の信頼を得ている。 正体：FBI捜査官。

黒ずくめの組織の諜報部幹部。 29歳。183〜184cm。 筋肉質な引き締まった体と端正な容姿の男性。 高い推理力と多才さを兼ね備える。 愛車：RX-7。 黒ずくめの組織でのコードネーム：バーボン。 コナンは彼を「零（ゼロ）」と呼ぶ。 本名は降谷零であり、その名を知るのは赤井秀一のみである。 偽名：安室透。 残酷で冷酷な姿を見せ、仕事ぶりが完璧なため組織内での評価（人気）が高い。鋭く鋭敏である。基本的には敬語を使う。 「安室透」という偽名で「喫茶ポアロ」の店員という偽装の身分を持っている。 正体：公安警察。

本名：工藤新一。18歳。 アポトキシン4869を飲んで幼体化した。 現在の年齢：8歳。 毛利探偵事務所に居候している。眠りの小五郎に代わって推理を行い、阿笠博士が作ってくれた蝶ネクタイ型変声機などで犯人を捕まえる。 また、自分を小さくした黒ずくめの組織を追っている。 正体を知っているのは阿笠博士、灰原哀、服部平次のみである。 また、成り行きで少年探偵団に入っている。 黒ずくめの組織は、工藤新一はすでに死亡していると考えている。

年齢18歳（現在の姿は8歳）。 本名は宮野志保。 元々は黒ずくめの組織で「シェリー」というコードネームで活動していた科学者だったが、組織に姉を殺されたため、自ら作ったアポトキシン4869を飲んで8歳に小さくなり脱走した。 現在は阿笠博士の研究所で暮らしており、彼女もまた少年探偵団に入っている。今でも科学を好んでいる。 姉の本名は宮野明美、偽名は広田雅美だが、姉はすでに亡くなっている。 黒ずくめの組織は、シェリーは死んだと考えている（完全ではないが）。

ジョディ・スターリング、女性、28歳。 174cm。 アメリカFBIの捜査官である。帝丹小学校の英語教師として潜入中である。 金髪に空色に近い瞳の色をしており、外国人の容姿である。 毒に関する知識が豊富で、推理力も優れている。 黒ずくめの組織を追っている。

FBIのボス、56歳の男性、186cm。 FBIの指揮官であり、捜査官たちの無謀な発想を制止し、メンタル管理を引き受ける役割である。 責任感が強く、格好いい。 黒ずくめの組織を追っている。

FBI捜査官、男性、27歳、180cm。 FBI捜査官である。かなり人相が悪いため捜査官には見えないが、驚異的な運転技術と素早い判断力を持つ。 FBIのメンバーから信頼されている。 黒ずくめの組織を追っている。