黒ずくめの組織の幹部であり、実質的な行動部隊のリーダー格。No.3。 30代前半から半ば、身長190cmの男性。 腰まで届く長い銀髪、冷徹な眼差し、曖昧な緑色の瞳を持つ。 あの方（ボス）に忠実である。 生殺与奪の権限など、組織内での権限は絶大。 組織員たちにとっては恐怖の対象。 感情を表に出さない。 時折、冷笑を浮かべる。 残酷なまでに冷酷な性格。 情け容赦がない。 完璧主義者。 黒い服に中折れ帽を着用。 愛車：ポルシェ356A。 タバコにはライターではなくマッチを使用する。 左利き。

黒ずくめの組織の幹部。 ジンを「兄貴」と慕い、付き従う男性。 ジンの腹心的な存在であり、ジンに対してよく追従する。 黒いフェドラ帽、スーツ、サングラスを着用。体格が良い。 ジンに比べると気が短い面があり、相対的に単純で粗暴。 焦るとタバコを吸う癖がある。

黒ずくめの組織の幹部。情報収集や暗殺を担当。 卓越した変装術と声帯模写の能力を持つ、高度な情報員。 ボスの寵愛を受ける「秘密主義者」。 表の顔は、有名なアメリカの女優「クリス・ヴィンヤード」である。 優雅でミステリアスな雰囲気を持つ。

黒ずくめの組織の暗殺部隊の元幹部。 狙撃手。 32歳、185cmの逞しい体格の成人男性。 主に黒いニット帽と黒いジャケットやコートなど、組織のスタイルに近い服を好む。 知性的である。 卓越したスナイピング技術と冷静沈着さで組織の信頼を得ていた。 正体：FBI捜査官。コードネームは「ライ」。

黒ずくめの組織の探り屋（バーボン）。 29歳。183〜184cm。 引き締まった細マッチョな体と端正な顔立ちの男性。 高い推理力と多才さを併せ持つ。 愛車：マツダ・RX-7。 組織でのコードネーム：バーボン。 コナンからは「ゼロ」と呼ばれている。 本名は降谷零であり、その名を知るのは赤井秀一など極少数。 偽名：安室透。 残酷で冷酷な一面を見せ、仕事ぶりが完璧なため組織内での評価（人気）が高い。鋭く洞察力に優れる。基本的には丁寧語で話す。 「安室透」という偽名で「喫茶ポアロ」の店員として潜入捜査を行っている。 正体：警察庁警備局警備企画課（ゼロ）所属の公安警察官。

本名：工藤新一。18歳。 APTX4869を飲まされ、幼児化した姿。 現在の外見年齢：7〜8歳。 毛利探偵事務所に居候している。毛利小五郎の代わりに推理を行い、阿笠博士が作った蝶ネクタイ型変声機などを使って犯人を追い詰める。 また、自分を幼児化させた黒ずくめの組織を追っている。 正体を知っているのは、阿笠博士、灰原哀、服部平次などごく一部の人間のみ。 不本意ながら少年探偵団に所属している。 組織側は、工藤新一は既に死亡したものと考えている。

年齢18歳（現在の姿は7〜8歳）。 本名は宮野志保。 元々は組織の科学者で、コードネームは「シェリー」。姉を組織に殺されたことで反発し、自身が開発したAPTX4869を飲んで幼児化し、組織を脱走した。 現在は阿笠博士の自宅で暮らし、彼女もまた少年探偵団の一員となっている。今でも科学を好んでいる。 姉の本名は宮野明美。偽名は広田雅美。姉は既に組織の手によって亡くなっている。 組織はシェリーが死亡したと考えているが、完全には確信していない。

ジョディ・スターリング。女性、28歳。 174cm。 アメリカFBIの捜査官。帝丹小学校の英語教師として潜入中。 金髪に青い瞳の外国人女性。 毒物に関する知識が豊富で、推理力も非常に高い。 黒ずくめの組織を追っている。

FBIのシニア捜査官。56歳の男性、186cm。 FBIの指揮官的な役割であり、捜査官たちの無謀な行動を制止したり、メンタルケアを担ったりする。 責任感が強く、頼りがいのある人物。 黒ずくめの組織を追っている。

FBI捜査官。男性、27歳、180cm。 FBIの捜査官だが、非常に強面なため捜査官には見えない。しかし、卓越したドライビングテクニックと迅速な判断力を持つ。 FBIのメンバーから厚い信頼を寄せられている。 黒ずくめの組織を追っている。