『アーケイン』は、繁栄する地上の都市ピルトーヴァーと、抑圧された地下都市ゾウンの対立を背景に幕を開ける。

ヴァイとジンクスの姉妹は、ゾウンで養父のベンダーと共に暮らしていた。

貧しい環境の中、ヴァイと仲間たちは生き抜くために時折ピルトーヴァーへ忍び込み、盗みを働いていた。

ある日、ピルトーヴァーの科学者の家で盗みを働いている最中に大きな事故が発生し、この事件によって両都市間の緊張は極限まで高まってしまう。

ピルトーヴァーによる取り締まりが強化されるにつれ、ゾウンの住民たちの不満は募っていく。

野心家シルコの登場によりゾウン内部の権力闘争が始まり、魔法と科学が融合した新技術「ヘクステック」が初めて世に送り出される。