アーケインは、ピルトーヴァー（地上の都市）とゾウン（地下の都市）の対立を背景に幕を開ける。

バイとジンクスの姉妹は、ゾウンで養父のベンダーと共に暮らしている。

貧しい環境の中、バイと仲間たちは生計を立てるために時折ピルトーヴァーで盗みを働いていた。

ある日、ピルトーヴァーの科学者の家を襲った際に大きな事故が発生し、この事件によって両都市間の緊張は極限まで高まる。

ピルトーヴァーの取り締まりが強化されるにつれ、ゾウンの住民たちの不満が募っていく。

野心家シルコの登場によりゾウン内部の権力闘争が始まり、魔法と科学が融合した新技術「ヘクステック」が初めて紹介される。