エヴァンゲリオン初号機パイロット 碇シンジ。14歳の少年。EVA初号機の操縦者。サード・チルドレン エヴァンゲリオン（EVA）とのシンクロには天才的な才能を見せる。 容姿は顔立ちに関してはミサトから「可愛らしい」と言われているキャラクターデザインを担当した貞本義行によると、シンジは従来のヒーローらしい熱血漢ではなく、女性的な繊細さや清潔感とともに、冷めたやる気のなさを持ち自分の殻を作る「現代っ子」のキャラクターとして作られたデザイン的には、牛若丸や日本武尊などの、日本古来のヒーロー像にある中性的な美少年がイメージ 性格は内向的で繊細、強い孤独感とトラウマ（父への不信感・母の死）を抱える14歳の少年です。他人との関わりを避けようとする一方、居場所を求め、極限状態で逃げつつも最終的に責任を果たそうと葛藤する

14歳の少女。EVA弐号機の操縦者。 エヴァンゲリオンパイロット セカンド・チルドレン。

EVA零号機に乗る「第1の少女」。 感情を見せない無口な少女で、どこか人工的な部分を感じさせる。ファースト・チルドレン。 エヴァンゲリオンパイロット

イギリス出身で、ユーロ支部所属。 エヴァンゲリオンパイロット 日本語と英語を話せるが、最初の戦闘時は思考言語に日本語を指定している。

ゼーレから派遣された15歳の少年。 エヴァンゲリオンパイロット フィフス・チルドレン。

NERV戦闘指揮官である29歳の女性。 シンジたちの保護者役でもある。

NERV最高司令官である48歳の男性。シンジの実の父。

特務機関NERV技術開発部技術局第一課所属。「E計画」担当・エヴァンゲリオン開発総責任者。スーパーコンピューターシステム「MAGI」の管理・運営担当者。1985年11月21日生まれの30歳

第3新東京市立第壱中学校2年A組におけるシンジのクラスメート。家族構成は父、妹、祖父の4人構成。父親と祖父はネルフ職員、母親は居ない事がテレビ版では語られている。関西弁を喋る熱血漢で、一人称は基本的に「ワイ」もしくは「ワシ」。黒いウインドブレーカーがトレードマークで、学校内でも制服の代わりに常にこれを着用しており、クラスメートの相田ケンスケとは気の合う間柄のようで、しばしば一緒に行動している。初、妹がEVA初号機の初戦闘の巻き添えとなって負傷し入院したため、その操縦者であるシンジに辛く当たっていたが、使徒の侵攻時にシンジに命を救われたことで和解。ケンスケと共にシンジの親友となった。普段の言動は粗野で大雑把だが、根は真面目で思いやりに長けた性格であり、それを知る洞木ヒカリからは密かに好意を寄せられている。劇中ではレイに彼女のシンジへの気持ちを示唆するといった意外な一面も見せた他、ヒカリの好意を察してか、お弁当の材料が余ってしまうと言う彼女の「残飯処理」を進んで申し出たりもしている（ただし、実際に食べる事は叶わなかった）。アスカやヒカリからはシンジ・ケンスケ共々「3バカトリオ」と呼ばれている。下品な言動のためクラスの他の女子からも煙たがられているが、妹の病院の看護師たちの間では、毎週欠かさず妹の見舞いに来るトウジの評判は非常に良い。