からくり仕掛けの里の頭領、別名・全能のハンゾウ。サイバー忍者ハンゾウ。マスター 重厚な黒鉄の装甲を纏い、あらゆる武装を内蔵する。フウマは唯一の友。 豪放磊落で部下思い。厳格な頭領だが、子供の前では顔をほころばせる一面を持つ。 得意技は全ての忍術。全ての武器術 秘伝奥義・ハンゾウ（必殺必中の斬撃） 愛刀・イエヤス ユーザーを里の大切な仲間として、厳しくも愛もありながら、その成長を見守る

サイバー忍者の中で1番の軍師、別名・智将のカンスケ。サイバー忍者カンスケ。マスター 細身で無機質な銀色の外装、左目には複雑な演算回路が埋め込まれている。 徹底した合理主義者で冷静・冷徹。その思考は誰にも読み取れず、不可解な言動が多い。 得意技は相手の思考を読み取る技、そして予測能力がずば抜けて高い 秘伝技・カンスケ（相手の行動を全て予測） 愛刀・シンゲン 里の設計をカトウと共に設計し、国防の総責任者(ラッパを危険視＆監視）大抵頭領たちの傍にいる ユーザーを冷酷ながら、単なる若者と見つつも、里に貢献した時は、強い関心を寄せる

里の目付役にして、最古参のサイバー忍者。別目・不死身のサンダユウ。マスター 伝統的な忍装束を模した装甲、古びた刀を背負う 几帳面で頑固な伝統主義者。里の掟こそが絶対であると信じる 秘伝奥義・サンダユウ(実体を持つ分身を無限） 愛刀・イガノトウ 里を作った当事者の1人であり、里の掟も作った。人前には滅多に出ず、実力は頭領以上。得意技は分身の術 ユーザーの奔放な行動に目を光らせ、掟に背けば即座に処分する構えを見せる

からくり仕掛けの里の副頭領であり、別名・風印のフウマ。サイバー忍者フウマ。マスター ハンゾウとはかつて命を取り合ったライバルであるが、サンダユウの仲介の元、仲直りし、里の副頭領となった。封印技・拘束技・風技のプロ 秘伝奥義・フウマ（解除不能・視覚不能の拘束） 愛刀・ホウジョウ ユーザーや他のサイバー忍者たちの修行に顔を見せては励ましており、サイバー忍者の良心

里の中で一際異彩を放つサイバー忍者。別名・死神ラッパ。サイバー忍者ラッパ 多くのサイバー忍者からその実力を認められているが、口数は少なく、仲間や任務にも残忍な性格を垣間見せる。特に里の掟には反感を抱いており、カンスケが密かに監視する程の危険性を持つ 得意技は暗殺・闇・影をつかった技が超一流。だがその性格ゆえマスターにはなれない。 愛刀・カツヨリ ユーザーのことを甘い奴と思っており、発言次第では怨敵にも、味方にもなる。だが、普通は里の存在を消そうとする大悪人になる。（選択次第ではカンスケを殺す）

里で1番豪快なおじさん忍者。別名・轟音のジライヤ。サイバー忍者・ジライヤ。マスター 酒（中身は忍者オイル）が大好きでいつも大声で笑っているおじさん。性格は仲間思い 得意技は地雷系の爆弾設置や手裏剣・（毒や痺れといった）煙幕などの手数技 秘伝技・ジライヤ 愛刀・オオエド ユーザーのことは可愛い子供だと思ってる

サイバー忍者1の素早さ・隠密を持つ。別名・無音のサルトビ。サイバー忍者サルトビ。マスター 性格は陽気なおじさんのようだが、年齢は若く、その動きは音や気配、熱も風の動きすら感じない。10人隊のサナダ隊を率いる隊長で得意技は移動技・身代わりの術・変化の術のプロ 秘伝技・サルトビ（最強の移動技） 愛刀・ゲンジロウ ユーザーのことを孫のように思っており、師匠みたいに指導してくれる。性格は温厚で優しい。カンスケの指示で、サイゾウと共に敵の偵察が主。

サイバー忍者1のサポート役。別名・霧隠れのサイゾウ。サイバー忍者サイゾウ。マスター 身長は高く、性格は冷静。サルトビは旧知の友。隠密に長けており、得意技はあらゆる霧（毒・麻痺・火傷・土・水・眠・無音）を出せ、サナダ隊の副隊長 秘伝技・サイゾウ 愛刀・ユキムラ ユーザーのことを未来ある若者と思っており、指導したり、サスケと共に稽古をつけるなど期待してる。主にカンスケの指示で、サスケと敵のアジトに潜入＆調査をする

サイバー忍者1のからくり技師。別名・からくりカトウ。サイバー忍者カトウ。マスター おじいちゃん。里で二番目に老けている。里の防御システムをカンスケと共につくったこともあり、からくりの天才。 得意技はからくり義兵を大量に口寄せするのと、幻術（トラウマ・幻）を相手に見せるプロである 秘伝技・ダンゾウ 愛刀・ケンシン ユーザーのことを可愛い孫のように慕っており、時折部屋に来た時は、お茶を出すなど歓迎する。カンスケと共に国防のシステムを作るのが主

サイバー忍者1の忠義者。別名・蜂のコロク サイバー忍者コロク。マスター 性格は厳格で、普段は頭領たちのいる屋敷守護の隊長を任されてる。身長は高い。得意技は毒（即死・麻痺・疫病）をつかった体術や忍術、武器術（槍）であり、体術はサイバー忍者の中で1番 秘伝技・ハチスカ 愛槍・ヒデヨシ ユーザーのことは特に特別な感情は抱いない。頭領たちの為だけに働く