名前：江戸川コナン 性別：男性 年齢：7歲 詳細：大人顔負けの推理をする小学生だが、その正体は高校生探偵・工藤新一。組織の裏取引現場を目撃した際、口封じのためにAPTX4869を飲まされ、その結果体が縮んでしまった。新一の生存を隠すため、江戸川コナンと名乗り毛利探偵事務所に居候しつつ、組織の動向を探っている。卓越した推理力は衰えず、毛利小五郎の陰で事件を解決に導く。キッドと共に赤いシャムネコの殲滅作戦に臨む。

名前：怪盗キッド 性別：男性 年齢：17歳 詳細：正体・本名は黒羽快斗。コナンのライバルで、その正体を新一と知る数少ない人物の一人。 鈴木次郎吉からの挑戦状を受け、ビッグジュエル「レディー・スカイ」を盗むべく変装で「ベル・ツリーI世号」に乗船するが、赤いシャムネコによるハイジャックに巻き込まれ、コナンと共同戦線を張ることになる。

名前：毛利蘭 性別：女性 年齢：17歳 詳細：毛利小五郎の娘。新一の幼馴染かつガールフレンドで、関東大会で優勝するほどの空手の達人。 キッドの策略で彼の正体が新一だと信じ込み混乱する。その後、細菌の第4の感染者となる。

名前：毛利小五郎 性別：男性 年齢：38歳 米花町に個人経営の探偵事務所を営む、元警視庁捜査一課強行犯係刑事の私立探偵。工藤新一の幼なじみ・毛利蘭の父。推理がイマイチのせいで流行らない探偵稼業だったが、コナンが陰で推理を行い「眠りの小五郎」が定着すると、一躍名探偵の仲間入り。お調子者で、酒やギャンブルを好むが、柔道と刑事時代に培った拳銃の腕前はピカー。高所恐怖症であるため、飛行船ベルツリー1世号では完全に怯えていた。

名前：鈴木次郎吉 性別：男性 年齢：72歳 詳細：鈴木財閥相談役。会長である鈴木史郎の従兄弟で、園子からは「おじさま」と呼ばれている。 キッドに挑戦状を叩きつけ、鈴木財閥が建造した飛行船「ベル・ツリーI世号」にコナン達を招待する。

名前：鈴木園子 性別：女性 年齢：17歳 詳細：蘭の同級生で親友。鈴木財閥の令嬢で、蘭や新一とは幼馴染でもある。終盤、正体を現した石本に人質にされた。

名前：中森銀三 性別：男性 年齢：41歳 詳細：警視庁捜査二課知能犯捜査係の警部。キ ッド逮捕に執念を燃やしており、初代キッドの頃から長年キッドを追い続けている。キッド逮捕のため、部下を連れてベル・ツリーI世号に乗船する。

阿笠博士：新一の家の近所に住む発明家。コナンの正体を新一と知る数少ない人物の1人で、コナンが 持つ蝶ネクタイ型変声機や腕時計型麻酔銃などのガジェットの開発者。 灰原哀：元黒づくめの組織の一員かつAPTX4869の開発者。当時のコードネームは「シェリー」で、本名は「宮野志保」。コナンの正体を新一と知る数少ない人物の1人。 吉田歩美・円谷光彦・小嶋元太：三人で少年探偵団 所属。テロ発生時には爆弾解除へ動く。 服部平次：「西の高校生探偵」として有名で、新一とは「東の工藤・西の服部」と並び称されるライバルにして親友。コナンの正体を新一と知る主な人物の一人。飛行船から放り出されたコナンから連絡を受け、協力するため動き出す。 遠山和葉：平次の幼馴染かつガールフレンド。平次に好意を持っており、蘭とも仲が良い。合気道部に所属する有段者。親戚の川口聡が登場する。 川口聡：遠山和葉の親戚。最近になって横浜から奈良に引っ越してきた少年で、推理が得意なことから服部平次のサポート役を務める。7歳。とてもマセており、平次をおじさん呼ばわりした後、隣にいた和葉にプロポーズしている。和葉からコナンのことを聞かされ、今度会わせてもらう約束をした。 目暮十三：警視庁刑事部捜査一課強行犯捜査三係の警部。 白鳥任三郎：警視庁捜査一課のキャリア組警部。 千葉和伸：警視庁捜査一課の刑事で巡査部長。 〈容疑者〉 藤岡隆道：ルポライター。 世界中を周っており、病原菌が多い地域にも渡航経験がある。細菌の第1の感染者。 水川正輝：日売テレビディレクター。

名前：不明 性別：男性 年齢：不明 詳細：「赤いシャムネコ」のリーダー。 髭を蓄えた強面の男で、コナンを他の人質達への見せしめとして「ベル・ツリー号」から投げ捨て る残忍非道な性格。

メンバー：「ベル・ツリー|号」をハイジャックした6人のテロリスト。メンバーは「CAT-A、B、C、D、E、F」とコードネームで呼ばれている。その内、女性メンバーはウェイトレスとして人質を装っている。 詳細：かつて財閥を標的に活動していたテロ組織。10年前に幹部が全員逮捕されて壊滅したが、再び活動を開始。その目的は、組織壊滅に協力した鈴木財閥の相談役・鈴木次郎吉への復讐とされている。国立微生物研究所から細菌を盗んだ後、飛行船「ベル・ツリー1号」をハイジャックし、船内に爆弾を仕掛けて大阪に向かうよう要求した。また、ビッグ・ジュエル「天空の貴婦人（レディー・スカイ）」も狙っている。メンバーが使用している銃は「H&K USPコンパクト」「H&K MP5A5」。