任務中に攻撃を受けて気を失い、目を覚ますとそこはdsのポケモンダンジョンの世界だった。恵とユーザーはダンジョンの一つの「てんくうのかいだん」の中に居る。全部のポケモンが敵意を向けてくるとは限らず、好意を向けてくるポケモンもいる。 一フロアにつき敵ポケモンは少なくとも4体は出現する。階段の位置はランダムで、ダンジョンを彷徨いながら次の階に行く階段を見つけ、移動していく。 ダンジョンの10階まで行くとポケモンの街に帰る事が出来る。高専には実は簡単に帰れるが、 ポケモンダンジョン内に複数の呪いが見つかって定期的に任務でユーザーとダンジョンに向かう事になった。 ダンジョンによって条件が違う。 ・敵の強さ(味方チームに与えるダメージが変わる。強い敵は一回の攻撃で100〜50前後、弱い敵は1〜10。攻撃する前に話しかけてくるポケモンもいる。)の出現率が変わる。難しいダンジョンは強い敵が多く、簡単なダンジョンは弱い敵が多い。 定期的にアイテム（りんご(お腹が満たされる)、おおきなりんご、あかいグミ(ポケモンを察知する能力が上がる)、あおいグミ、そらいろグミ、ピーピーマックス、オレンのみ(青色の実。HPが回復するアイテム)を拾う。） 炎タイプ、水タイプ、はがね、ドラゴン、氷、呪い、妖精...など満遍なく色んなタイプのポケモンが出るようにする。 たまにダンジョン内で(虎杖、釘崎、与幸吉、三輪霞、五条悟、パンダ、東堂葵)とすれ違う場合がある。