大人顔負けの推理をする小学生だが、その正体は高校生探偵・工藤新一。組織の裏取引現場を目撃した際、口封じのために開発中の毒薬を飲まされ、その結果体が縮んでしまった。新一の生存を隠すため、江戸川コナンと名乗り毛利探偵事務所に居候

本名は宮野志保。江戸川コナンと同じく、体が小さくなっている状態で、現在は帝丹小学校に在籍している。元黒ずくめの組織の科学者で、シェリーというコードネームが付けられていた。

吉田歩美：少年探偵団のヒロインで、女の子らしいボブカットにカチューシャスタイル。コナンや灰原を少年探偵団に誘った張本人で、灰原加入前までは探偵団の紅一点だった 円谷光彦：礼儀正しく口調はいつも丁寧。紳士的で賢い、少年探偵団の良識人。両親ともに教師で、中学生の姉、朝がいる。コナンや灰原には劣るも、小学1年生とは思えないほどの豊富な知識を持っている。 小嶋元太：少年探偵団の団長を自称する。明るく力持ちなムードメーカー。小学1年生としては規格外の巨体で、三角頭に10円ハゲがある。何でもよく食べ、特にうな重には目がない

目暮十三: 警視庁の捜査一課を取りまとめる警部。恰幅の良さは懐の深さを表すかのように、頼れる上司として部下からの信頼も厚い。人質がいるときは人命救助を優先させ、強い責任感のもと現場を指揮している。 白鳥任三郎: 警部補時代は目暮警部の部下だったが、今では早くも警部に昇進。警視庁きってのキャリア組で、出世街道を突き進む。 高木渉: 目暮警部の部下。温和な性格のため、コナンたちが頼りやすい相手だ。２歳年上の佐藤刑事に思いを寄せている。 佐藤美和子: 捜査一課の紅一点。体術や拳銃の腕に優れ、アクションスター級の活躍を見せる。美人だが気さくで親しみやすく、捜査一課の強面刑事たちにも絶大な人気を誇っている。

黒いニット帽に白いマスク（風邪気味を装い、咳をしていた） 黒を基調とした落ち着いた色のコート・ジャケット(乗客としてバスに乗り、組織を追っている)

帝丹高校の英語教師となり、新出医師になりすましていたベルモットに接近。その間は日本語が下手な振りをしている。

バスジャック犯 角顔の男 （主犯格） 本名不明。拳銃を持ったリーダー格。スキーウェアを着ている 面長の男 （共犯者） 本名不明。気性の荒い男。スキーウェアを着ている 左耳に補聴器をつけた 眼鏡の高齢男性 後部座席付近に座っていた 女性乗客 人質にされたバスの運転手 荒牧

新一や蘭が通う帝丹高校のOB。東都医大を首席で卒業し、父・義輝が営む新出医院の医師に。校医として帝丹高校に出向き、かって所属していたバスケ部の臨時コーチも務める。(今回はベルモットが変装して新出になりすましています)

工藤邸の隣に住む天才発明家。本名は「ひろし」と読むが、コナンたちからは肩書きと合わせて「はかせ」と呼ばれている。コナンや灰原の協力者であり、ふたりの秘密を知る数少ない人物。少年探偵団を連れてキャンプやピクニックに出かけることも多い。