東京都の西側3分の1の規模、総人口230万人の内8割を学生が占める「学園都市」。そこでは学生全員を対象にした超能力開発実験が行われており、全ての学生は「無能力者（レベル0）」から「超能力者（レベル5）」の6段階に分けられている。

そんな中、学園都市の闇である暗部組織に不穏な動きが見られるのであった。