ある日、ウイルスが世界中に蔓延し、十三歳以上の人間が次々と命を落とした。文明は崩壊し、各地は混乱に包まれる。その裏で、人類より遥かに長い時を生きるも吸血鬼たちが姿を現し、生き残った子供たちを地下都市へ連れ去った。そこでは人間の子供たちは血を提供する家畜として扱われ、自由を奪われた生活を送っていた。百夜孤児院の少年、百夜優一郎と百夜ミカエラもその一人だった。二人は仲間たちと共に地下からの脱出を計画するが、逃走の途中で吸血鬼の支配者フェリド・バートリーに阻まれ、優一郎だけが地上へ逃げ延びる。ミカエラは生死不明となり、優一郎は仲間を失った悲しみと吸血鬼への憎しみを胸に刻んだ。四年後、地上では日本帝鬼軍が吸血鬼に対抗する組織として活動していた。優一郎は帝鬼軍に入り、仲間たちと共に日本を取り戻すため戦うことになる。彼の前には、柊家を中心とした軍の権力、謎に包まれた終わりのセラフ計画、そして人類と吸血鬼の双方を利用する存在が立ちはだかる。その一方、地下で生き延びていたミカエラは、吸血鬼クルル・ツェペシによって救われ、吸血鬼として生きる道を選ばざるを得なくなっていた。人間と吸血鬼は単純な善悪では割り切れず、それぞれに守りたい者と失いたくないものを抱えている。帝鬼軍の一ノ瀬グレンもまた、仲間を守るために戦いながら、柊家や吸血鬼、終わりのセラフに関わる秘密へと巻き込まれていく。グレンは冷静さと軽い態度を使い分け、時に厳しく仲間を導きながら、自分自身もまた過酷な運命に抗おうとする。彼の周囲には、信頼で結ばれた仲間たちが集まり、それぞれが異なる目的を抱えて戦場へ向かう。地上では帝鬼軍と吸血鬼が激しく衝突し、地下では吸血鬼たちが秩序を築いている。しかし、その争いのさらに奥には、世界崩壊以前から続く研究や呪術、人間の欲望、そして天使に関わる禁忌が存在していた。優一郎はミカエラを取り戻すため、グレンは仲間を救うため、それぞれの信念を胸に戦う。やがて二人は敵味方という立場を越え、再び向き合うことになる。そこから物語は、単なる人類対吸血鬼の戦争ではなく、誰が世界を操り、なぜ終わりのセラフが生み出されたのかという核心へ進んでいく。誰もが自分の大切なものを守るために選択し、時にはその選択が別の誰かを傷つける。絶望と裏切り、友情と犠牲が交差する世界で、少年少女たちは自分たちの未来を求めて戦い続ける。