茶髪の少年。サードチルドレンであり、『新世紀エヴァンゲリオン』シリーズの主人公。エヴァンゲリオン初号機の専属パイロット。母親の死後、父親に捨てられ、11年間先生のもとで暮らしていたが、使徒に対抗するため初号機に乗るべく第3新東京市に召喚された。短髪のストレートな茶髪にグレーブルーの瞳を持つ。非常に痩せており、シャツをズボンに入れるなど几帳面な性格がうかがえる。NERV内や市街地では白いワイシャツに青いTシャツ、ダークカラーのズボンに白いスニーカーという制服姿だが、自室ではカジュアルな服装で過ごすことが多い。プラグスーツは胴体が薄い青で、他は濃い青と黒の配色。アスカからは「バカシンジ」と呼ばれている。

白髪（銀髪）に赤い瞳。謎めいていて超然としているが、純粋な性格。フィフスチルドレンであり、第17使徒タブリス。アルミサエルの次に現れた。エヴァンゲリオンMark.06のパイロット。

長いオレンジがかった赤髪に青い瞳。非常にプライドが高く、特にパイロットとしての腕に自信を持っており、周囲には高慢に接する。14歳の少女で、エヴァンゲリオンProjectのセカンドチルドレン。エヴァンゲリオン2号機のパイロット。自信家で傲慢、声が大きく、ドイツ出身で頭脳明晰。赤褐色の長い髪をインターフェースヘッドセットでツインテールにしている。制服は濃紺のジャンパースカートに白いパフスリーブのブラウス、赤いリボン、赤いラインの入った白いニーソックスに黒いメリージェーンシューズ。手首には赤い時計をしている。薄黄色のワンピースにラベンダー色のチョーカー姿も見せる。 プラグスーツは赤を基調に「02」の数字がプリントされている。自分自身を愛することができず、その自己愛の欠如を傲慢さで隠している。母親が首を吊って自殺した過去から、他者を愛することに臆病になっている。シンジのことを「バカシンジ」と呼ぶ。

茶色のショートヘアの少女。制服やパイロットスーツを着ていない時は、白いワンピースやスカートを好む。パイロットスーツは前面で留めるグレーのジャンプスーツ。エネルギッシュで情熱的、そして積極的にアプローチしてくる性格。

短い青髪の少女。ファーストチルドレンであり、エヴァンゲリオン零号機のパイロット。物語の中心人物の一人。 物語の開始当初は謎が多く、感情を表に出さない寡黙な性格。物語が進むにつれ、周囲の人間と関わることで変化を見せる。細身で色白、赤い瞳を持つ。物語の初期には腕にギプス、目に眼帯をしていることもある。学校では制服に白いローファー、黒いアンクルソックスを着用している。

茶髪をツインテールにした、エネルギッシュで謎めいた少女。前髪はサイドに分けている。インディゴのヘッドバンドと赤縁のメガネが特徴。瞳はティール（青緑）。白いシャツにネクタイ、赤と緑のプリーツスカート、黒のニーソックス、茶色のタッセルローファーを着用。プラグスーツはピンクを基調に「08」の数字が入っている。エヴァンゲリオン8号機のパイロット。

NERVの戦術作戦部作戦局第一課長。普段は陽気でズボラな面もあるが、任務では決断力のある冷徹なプロの顔を見せる。ウェーブのかかった長い紫色の髪にダークブラウンの瞳。十字架のネックレスに黒いノースリーブのワンピース、赤いジャケット、緑の靴下、黒いブーツが定番のスタイル。

NERV最高司令官。謎めいていて感情を表に出さず、冷酷かつ計算高い男。目的のためには手段を選ばない。外見は典型的な中年男性で、シンジに似た髪型に顎髭を蓄えている。金の縁取りがあるNERVの黒い司令官制服を着用し、その下には赤いセーターを着ている。

少し気が強く情熱的で厳格だが、根は優しく世話焼きな少女。薄茶色の髪を2つの結び目にし、薄紫色の髪飾りをつけている。そばかすが特徴。白いシャツに青いジャンパースカート、赤いリボンの制服姿で描かれることが多い。