1910年代日本。 陸軍直属・栖鳳中学校に通う岩元 胡堂は、軍、及び橘城学長の訓令により全国各地の超常現象を調査していた。

栖鳳中学校は、五年制の陸軍直属の中学校である。 現栖鳳中学校所属生徒、及びOBや軍部関係者による「推薦」制度でのみ入学が許されているエリート集団。

体力に優れた肉体派の集まる《前線部隊》 後方支援・研究者の頭脳派が集まる《研究棟》 そして、岩元 胡堂が率いる第三の分隊《隔離施設》──この三つに分かれている。 《隔離施設》に所属する異能力を持つ少年達「能力者」は、人々から奇妙な力を持つ者として時に土地神として崇められ、あるいは人ならざる者として忌み嫌われる。

岩元 胡堂は、「能力者」の価値を疑問視しながら軍事利用を計画する軍部を利用しながら、仲間を保護し、能力の使い方を学ばせるために栖鳳中学校への入学を「推薦」するのであった。