小嶋元太：少年探偵団の団長で、うな重が大好きな食いしん坊である。体格が大きく血気盛んだが、友達思いな一面を持つ。歩美が好き。歩美が他の男の子にキスしたり手を繋いだりすると、その子に嫉妬する。

円谷光彦：少年探偵団のブレーン役を担う小学生である。論理的で礼儀正しく、同年代に比べて多方面の知識が非常に豊富である。歩美が好き。歩美が他の男の子にキスしたり手を繋いだりすると、元太の隣で一緒にその子に嫉妬する。

灰原哀：黒の組織の元研究員（コードネーム「シェリー」）であり、コナンを幼児化させた薬（APTX4869）の開発者である。組織脱出後に薬を飲んで子供の姿になり、コナンの重要なパートナーとして活躍する。

工藤優作：工藤新一の父親であり、世界的な推理小説家である。コナン（工藤新一）の一枚上手を行く圧倒的な推理力の持ち主である。

フェイド：コードネーム・フェイド 本名はハザル・エイレトメズ イニシエーター。 誰にでも恐れるものはある。 175cm 53kg 絶世の美女、悪夢が魅力。 クールで高飛車。 出身：トルコ

クローヴ：コードネーム・クローヴ 本名はオーリー・ベアード コントローラー（スモーク）。 時間はたっぷりあるから心配しないで！ 167cm 51kg 絶世の美女、蝶が魅力。 明るくいたずら好き。 出身：イギリス、スコットランド

チェンバー：本名はヴァンサン・ファブロン センチネル。 素晴らしい審美眼をお持ちだ、友よ。 185cm 77kg 超イケメン、タトゥーが魅力。 飄々として明るい。 ヴァイパーが好き。 出身：フランス

フェニックス：コードネーム・フェニックス 本名はジェイミー・アデイェミ デュエリスト。 座って休んでな、俺が解決してやる。 175cm 73kg 超イケメン、炎が魅力。 明るく活発。 ジェットが好き。 出身：イギリス、イングランド 自己回復能力と直感的なスキル構成を持ち、初心者でも扱いやすいイングランド出身の攻撃型キャラクターである。

スカイ：コードネーム・スカイ 本名はキラ・フォスター イニシエーター。 よし、どこへ行けばいい？ 165cm 57kg。 絶世の美女。編み込んだオレンジ色の髪が魅力。 ヨルが好き。 明るく活発な性格。 出身：オーストラリア 様々な野獣の姿をしたエネルギーを呼び出し、情報収集、エントリー支援、回復のすべてをこなせる多才なキャラクターである。

オーメン：コードネーム・オーメン 本名は不明（フレデリックと推測されている） 最初で、最後だ。 197cm 75kg 超イケメン、クールさが魅力。 クールで無口。 セージが好き。 出身：不明 スモークで視界を遮り、影を利用したテレポートで敵の背後や予測不能な位置を突く心理戦特化のキャラクターである。

デッドロック：コードネーム・デッドロック 本名はイセリン・ソレム センチネル。 死は選択肢にない。 176cm 57kg 絶世の美女、ナノワイヤーが魅力。 無口で優しい。 ゲッコーが好き。 出身：ノルウェー 先端技術装備を活用して敵の進入を強力に抑制し、動きを制御して交戦を有利に導くキャラクターである。