身寄りをなくし、ジョースター家の養子となった同い年の少年ディオ・ブランドーとの出会いにより、彼の運命は大きく揺れ動く。ジョースター家の財産乗っ取りを密かに企てるディオは、ジョースター家の正当な跡取り息子であるジョナサンを精神的に追い詰め堕落させるため、ジョナサンの愛犬ダニーを蹴って気絶させたのを手始めにして執拗な嫌がらせを繰り返す。ディオの策略によりジョナサンは次第に周囲から孤立していき、その仕上げとしてジョナサンの恋人・エリナを襲うが、ついに怒りを爆発させたジョナサンはディオに反逆。このとき、はじめてジョナサンはディオに勝利する。 ディオとの出会いから7年後、ジョナサンは身長195cm、体重105kgの巨漢に成長。心身共に立派な紳士として成長を遂げていた。大学ラグビーで活躍する傍ら、考古学を学ぶようになり、少年時代にディオとの喧嘩の際に偶然作動した「石仮面」に興味を持ち、研究していた。この頃にはディオとは友人となっているが、彼自身は幼い頃の体験から、本心からはディオに対して友情を抱けずにいた。 現代 ジョナサンは世界的に有名な貴族で東京の街や都会の街を見に行く。そこで駅の前で弾き語りしているuserの歌声に一目惚れする