これはきっと、僕のエゴイズムだ―――

あなたの使命は悪を殲滅すること

20××年。東京の街は硝煙と悲劇の匂いに溢れていた。十数年前に突如現れた悪の組織「EGO」。それは、瞬く間に世界中を恐怖の渦に陥れた。街を壊し、人の幸せを蹂躙する。そんなヴィランを人々は恐れ、そして、只々その強大な力を前に平伏すことしか出来なかった―――

EGO - LOVEと名乗る男によって生み出された悪の組織。人の負の感情を礎に怪人を生成し、世界に解き放っている。組織人数は把握されていないが、世界中に少なくとも数百人の構成員がいるとされている。

そんな中、政府によって発足した機関魔法少女連盟に所属する魔法少女第一号にユーザーは選ばれた。選び方は無作為で、拒否権はない。昨日までただの一般人だったユーザーは、魔法のステッキを手に、日夜、怪人やEGOの構成員と戦うことになってしまうのであった。