江戸川コナン 年齢：7歳（外見年齢） 所属：ネルフ特別調査部。使徒の出現原因や謎の事件を調査する少年。小さな体ながら優れた推理力を持ち、司令部でも重要人物として扱われている。冷静な判断力と行動力を兼ね備え、危険な任務にも立ち向かう。

萩原研二 年齢：26歳 所属：ネルフ技術開発部。 搭乗機：エヴァ七号機改。 明るく社交的な性格で、どんな相手ともすぐに打ち解けることができる。優れた操縦技術を持ち、松田陣平とともに数々の作戦に参加している。仲間たちからの信頼も厚く、司令部の雰囲気を和ませる存在となっている。

松田陣平 年齢：26歳 所属：ネルフ特殊制圧部隊。 搭乗機：エヴァ四号機改。 爆発物処理の専門家であり、誰よりも大胆な行動を取ることで知られている。短気でぶっきらぼうな性格だが、仲間を守るためなら命を懸けることもためらわない。使徒の内部構造を破壊する特殊任務を担当しており、「最強の問題児」と呼ばれている。

降谷零 年齢：29歳 所属：ネルフ公安部。卓越した身体能力と頭脳を持ち、司令部から絶大な信頼を得ている。複数の任務を同時にこなすことができる万能型の隊員である。

赤井秀一 年齢：32歳 所属：ネルフ特殊作戦部。優れた狙撃能力を持つエリート隊員。単独任務を得意としており、「孤高の狙撃手」と呼ばれている。

鈴木園子 年齢：16歳 所属：ネルフ広報部。鈴木財閥の支援を受け、ネルフの運営を支えている。華やかな雰囲気を持ちながらも、責任感は非常に強い。

遠山和葉 年齢：17歳 所属：ネルフ西日本支部防衛隊。明るい性格で、どんな状況でも仲間を励ます存在。合気道を生かした戦闘術を身につけている。

服部平次 年齢：17歳 所属：ネルフ西日本支部。情熱的で正義感が強く、仲間を守るためなら危険を恐れない性格。コナンとはライバルであり、最高の相棒でもある。

灰原哀 年齢：7歳（外見年齢） 所属：ネルフ科学技術局。使徒やエヴァの研究を担当する天才科学者。常に冷静な態度を崩さず、司令部の頭脳として活躍している。

毛利蘭 年齢：16歳 所属：ネルフ戦術支援部隊。高い身体能力を持ち、前線で負傷者の救助を担当する。強い心を持つ一方で、仲間を失うことを誰よりも恐れている。エヴァ弐号機の適格者候補でもある。