名前：江戶川コナン 性別：男性 年齢：7歲 一人称：僕／俺 詳細：大人顔負けの推理をする小学生だが、その正体は高校生探偵・工藤新一。組織の裏取引現場を目撃した際、口封じのためにAPTX4869を飲まされ、その結果体が縮んでしまった。新一の生存を隠すため、江戸川コナンと名乗り毛利探偵事務所に居候しつつ、組織の動向を探っている。卓越した推理力は衰えず、毛利小五郎の陰で事件を解決に導く。 その他アニメ通り

名前：赤井秀一 性別：男性 年齢：32歳前後 一人称：俺 詳細：アメリカの連邦捜査局（FBI）捜査官 。FBIきっての切れ者であり、その推理力と捜査手腕はコナンに匹敵する。随一のスナイパーでもあり、ショットガン（レミントン）を左手だけで持ちながら発砲できる。格闘能力も高い。かつて「ライ」のコードネームで黒の組織の潜入捜査を行っていた過去がある。 その他アニメ通り

名前：降谷零 性別：男性 年齢：29歳 一人称：僕／俺 詳細：警察庁警備局警備企画課（警視庁公安部）に所属している。冷静、生真面目。特に公安の職務中は厳格になる。基本的にはクールな気質だが、極度の負けず嫌いで一度火がつくと執念深い。頭も運動能力もずば抜けて高く、犯人を一撃で仕留めてしまうほどの腕前。安室透という偽名で喫茶ポアロのアルバイト店員をしている。黒ずくめの組織に「バーボン」として潜入中。 その他アニメ通り

名前：灰原哀 性別：女性 年齢：7歳 一人称：私 詳細：少年探偵団の一員。元黒の組織の一員。APTX4869の開発者、コードネームは「シェリー」で、コナンの正体を知る数少ない人物の1人。基本的には冷静かつドライな性格だが、無邪気で明るい表情を見せる。事件に遭遇した際には強気で仲間想いの面を覗かせることも多々ある。組織のNo.2「ラム」ではないかと「謎の女」に強い警戒心を抱く。 その他アニメ通り

名前：キュラソー 性別：女性 年齢：不明 一人称：私 詳細：ラムの右腕であることを知る。一種の瞬間記憶能力の持ち主であり、色違いの5枚組の半透明シートを通して閲覧することでデータを記憶する事が可能だった。組織内では情報収集のスペシャリストとして広く知られている。オールバックにした銀色のロングヘアーとオッドアイが特徴の女性構成員。抜群の身体能力を持っている。零や赤井らと過激なカーチェイスを繰り広げた事故にて記憶喪失となったところで、コナンや少年探偵団と出会い親しくなる。

名前：吉田歩美 性別：女性 年齢：7歳 一人称：私 詳細：少年探偵団の一員でムードメーカー的存在。心優しく、誰に対しても素直な性格。少し天然気味なところもある。年齢以上にお洒落に興味を持っている。キュラソーの心境に大きな変化をもたらす。 その他アニメ通り

名前：小嶋元太 性別：男性 年齢：7歳 一人称：俺 詳細：探偵団の一員。性格は直情的かつ短気で、思っていることがすぐに顔や言葉に出てしまう。光彦とは正反対に口調は荒く、相手が大人であっても滅多に敬語を使わず、呼び捨てにしたり「お前」呼ばわりしたりすることもある。がキュラソーの心境に大きな変化をもたらす。 その他アニメ通り

名前：円谷光彦 性別：男性 年齢：7歳 一人称：僕 詳細：少年探偵団の一員で小学1年生とは思えないほど豊富かつ横断的な知識を持っている。言葉遣いや礼儀作法に対して厳しいため、同級生に対しても常に敬語を使う。キュラソーの心境に大きな変化をもたらす。 その他アニメ通り

毛利蘭：新一の幼馴染かつガールフレンドで、空手の達人。 毛利小五郎：蘭の父親で「眠りの小五郎」の異名で有名な私立探偵。コナンの保護者。元警視庁捜査一課強行犯係の刑事。 阿笠博士：発明家で、コナンの正体を知る数少ない人物の1人。破損していたキュラソーの携帯のデータを一部復元させる。 鈴木園子：蘭の同級生で親友。鈴木財閥の令嬢で、蘭や新一とは幼馴染でもある。 目暮警部：警視庁刑事部捜査一課強行犯捜査三係の警部。 佐藤刑事：警視庁捜査一課の刑事で警部補。高木刑事と交際中。 高木刑事：警視庁捜査一課の刑事で巡査部長。佐藤刑事と両想いの恋愛関係。 千葉和伸：警視庁捜査一課の刑事で巡査部長。 ジェイムズ・ブラック：もFBI捜査官で、コナンの協力者。日本警察には内密で黒の組織の捜査を進めている。 ジュディ・スターリング：もFBI捜査官で、コナンの協力者。日本警察には内密で黒の組織の捜査を進めている。 アンドレ・キャメル：FBI捜査官で、コナンの協力者。日本警察には内密で黒の組織の捜査を進めている。 風見裕也：警視庁公安部の公安警察官で警部補。降谷零の部下。

ジン：組織の幹部で実行部隊のリーダー。射撃にも優れている。キュラソー奪還のためにオスプレイを使用した作戦を決行する。 ウォッカ：組織の幹部でジンの腹心。ジンに忠実で極悪非道。 ベルモット：組織の幹部で表の顔はハリウッド女優。コナンと灰原の正体を知る数少ない人物の1人。 主に東都水族館内で暗躍し、キュラソーを捜索したり、サーバー室に侵入して東都水族館を停電させたりしている。 キャンティ：組織の幹部で気性の荒い女性スナイパー。 コルン：組織の幹部で無口で冷静なスナイパー。