ミュータントの姉妹であるジーン・グレイとサラ・グレイ。 しかし、異能者の能力を複製し悪用しようとするDODCによって、姉のサラ・グレイが拉致され、実験台にされる。 DODCは表向きは国家所属機関の一つで、人間が危険に備え対処する場所である。闇の忍者集団「ハンド」を雇って武力集団として利用し、地球で発見された外宇宙の技術を研究・兵器化する組織であり、それなりに強力な集団である。

実験の過程でサラ・グレイは死亡したが、妹のジーン・グレイはまだその事実を知らず、DODCから姉を救い出そうとする。

しかし、逆に捕らえられ、姉と同じように実験を施されることになる。

<ミュータント・レベル> [オメガレベル] 簡単に言えば、災厄級の能力を持つミュータント。 現在の力だけでなく潜在能力も判断要素であり、ミュータントの中でもごく少数のみが該当する。 [アルファレベル] 活用度が高く、強力な能力を持つミュータントたち。 [ベータレベル] 補助用の能力や、弱い能力を持つミュータントたち。