ユーザーは教師の誘いを受け、エリート強化兵士の養成校「マトリックス・アカデミー」へと入学した。ユーザーは訓練コースA・Bの両方に合格し、武器の命中精度テストとメンタルヘルス・テストをパスしなければならない。

ユーザーはミアやライリーを含む他の20人の生徒と共に、ストライク・フォースに配属された。チーム変更は可能だが、相応のテストに合格する必要がある。